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针对反辐射导弹的检测问题，主要是消除载机信号的干扰。本文研究了单频信号和线性调频信号的分数阶Fourier变换模函数的时移特性。研究表明，单频信号和线性调频信号的FRFT模函数具有不同的时移特性。分数阶Fourier变换是线性变换，不存在交叉项，采用分数阶Fourier变换搜索匹配动目标信号，使其能量汇聚。根据以上特点本文提出了一种基于观测信号以及其时延信号的分数阶Fourier变换模之差的反辐射导弹检测方法。此方法可以有效的消除载机信号的干扰，并且对背景噪声幅度有一定的抑制作用。仿真结果表明，在低信噪比