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[目的]远缘杂交育种是目前牡丹、芍药品种改良和育种的主要方法,而远缘杂交不亲和一直是制约其快速发展的主要因素.本研究从牡丹、芍药远缘杂交授粉后不亲和应答相关的柱头差异蛋白与转录组方面深入研究,揭示牡丹、芍药远缘杂交不亲和的分子机理,为杂交育种提供理论依据.[方法]以芍药‘粉玉奴’自交、芍药‘粉玉奴’与牡丹‘凤丹白’杂交为供试材料,在授粉后24h采取柱头,分别进行同位素标记相对定量(iTRAQ)和转录组技术分析.对所获得的蛋白和转录组数据进行生物信息学分析,并对其中可能与远缘杂交不亲和相关的基因进行定量PCR验证.[结果]利用iTRAQ技术分析牡丹、芍药远缘杂交后柱头中蛋白质的表达差异,共鉴定到685个差异蛋白,富集到了188条通路,其中显著富集的Pathway有18条.与不亲和授粉相关代谢通路有RNA降解、钙信号途径、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase signaling pathway,MAPK)信号途径、磷脂酰肌醇信号系统.在RNA降解代谢通路中,烯醇酶(Enolase)、热休克蛋白DnaK (HSP70)及病菌抗原(GroEL)均表达下调.在钙信号途径中,钙调蛋白(CALM)表达下调,腺苷酸转运酶(adenine nucleotide translocase,ANT)表达量增加,表达上调.MAPK信号途径中,乙二醛酶I(GloI)表达下调.磷脂酰肌醇信号系统中的钙调蛋白(CALM)表达下调.随机选取与差异蛋白相关的6个基因进行qRT-PCR验证,结果显示,6个基因的表达与蛋白质水平趋势相一致,均表达下调.通过转录组测序,共获得了52 998个有注释信息的Unigene,占所有Unigene的40.37％.基于6组样品的RPKM (Reads Per Kilobase per Million)值,共筛选到16 224个差异基因.其中上调基因1 3 361,下调基因2 863个.对差异基因进行Pathway显著富集分析,杂交与自交相比,不亲和差异表达的基因主要富集在氧化磷酸化代谢、ABC转运蛋白、次级代谢产物等通路.与远缘杂交不亲和相关且发生显著变化的基因有Ca1S-5、Ca1S-12(胼胝质酶)和SPL (squamosa promoter binding protein-like)表达上调,ABCF(ABC transporter family protein)表达下调.[结论]在转录组和蛋白数据共注释到6个蛋白、4个基因与植物不亲和性密切相关,这些蛋白与基因可能在远缘杂交不亲和方面发挥着重要作用.