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吕澂在支那内学院的早期教学中一直担任因明学的导师,他认为:“《因明入正理论》一卷……思惟论议,有轨可循,则致用宏而事功倍,因明其必学也.方式运用,或逐时推移,而真实简持,酌中立说,无逾于《入论》矣.”③所以他对《因明入正理论》的研究最为深入,并充分运用了藏文和梵文文献进行比勘,取得了令人瞩目的成果.