截至2019年6月底，在国家市场监督管理总局注册登记的农民专业合作社突破220万家，平均每个行政村有3～4家农民专业合作社。但农民专业合作社在快速发展中出现了一些没有开展任何业务活动又没有注销的“空壳社”。由于缺乏權威数据，空壳社具体有多少尚需进一步确定。根据有关数据初步推断，空壳社占比至少在1/3以上，一些地区甚至达到60%以上，真正具有合作作用的农民专业合作社比例更低。空壳社形成的原因主要有：为了套取国家项目资金、为了获得税收优惠、为了响应上级政府要求、为了引导农民进入市场等。空壳社能够存续的原因主要有：为了享受政府的优惠政策或申请财政项目、不清楚保存空壳社的危害、注销成本高、不知道应该怎么办理注销手续等。空壳社增加了市场监管部门的登记工作量、增加了市场监管部门的监管成本、增加了行政指导部门的服务成本、增加了行政指导部门被寻租的风险，亟待清理整顿。
　　为加强农民专业合作社规范管理，提升整体质量，2019年2月，中央农办、农业农村部等11个部门联合印发了《开展农民专业合作社“空壳社”专项清理工作方案》，决定在全国范围内集中开展农民专业合作社专项清理工作。但由于全国依法注册登记的农民专业合作社不仅数量大，而且面临诸多难题，如注册地址变动、法定代表人更换、联系方式缺失等。做好空壳社专项清理的工作量大、时间紧、任务重。
　　为此，建议：
　　一、细化空壳社清理相关条例
　　空壳社专项清理工作方案中有些提法不够准确，导致空壳社清理难度大。如方案中提出的“连续两年不经营”的定义不明确，“自愿退出”难度大，需要全体社员签字同意。空壳社的清理仅有农业农村部门的工作远远不够，还需要市场监督部门出台细化措施。应及时启动修订《农民专业合作社登记管理条例》，进一步完善、细化对农民专业合作社的注册登记规定以及吊销连续两年未经营的农民专业合作社营业执照的具体办法。
　　二、建立合作社空壳率统计机制
　　农业农村部门、工商管理部门需要进一步严格规范、明确有经营活动的和真正具有合作作用的农民专业合作社的标准。农业农村部门、工商管理部门、统计部门、调查总队应共同建立完善省、地市、县市、乡镇、村的统计体系，在统计工作设计、统计抽样、实地验证、数据整理、数据分析等方面加大落实力度。
　　三、完善政府绩效考核机制
　　进一步改进地方政府对基层政府政绩的考核指标体系，取消关于本地区农民专业合作社发展数量规模及其年报率的考核指标，体现工商年报制度的真实性，防范出现新一轮空壳社的风险。
　　四、因地制宜依法清退空壳社
　　在落实中央农办等11部门针对空壳社的专项清理工作中，应根据排查结果，对存在问题的农民专业合作社区分类型，依法依规进行清理。各地政府应根据本地区实际情况制定具体方案，防止采取过激行为，避免使用大规模、疾风骤雨式的清理整顿方式，努力营造农民专业合作社的健康发展环境，实现提升农民专业合作社整体素质的发展目标。同时，在清理整顿工作中，发现涉嫌骗取套取涉农资金补助或中央预算内投资支持项目、涉嫌从事非法金融活动、利用农民专业合作社名义损害农民利益的，应坚决予以处理，发现一起处理一起。
　　五、完善现行农民专业合作社扶持政策
　　应从社会公平、营造平等竞争环境的角度出发，改进政府财政扶持项目的申请条件，将农民专业合作社纳入小微企业扶持政策，逐步弱化政府按照市场主体的组织属性进行扶持的方式，取消一些财政扶持项目规定实施主体必须是农民专业合作社的要求，从源头消除建立农民专业合作社的投机行为。同时，加强基层农民专业合作社辅导员队伍建设，强化《中华人民共和国农民专业合作社法》的普法力度；加强乡镇一级的农民专业合作社统筹管理，组建乡镇级农民专业合作社联合社。