目的 研究粗茎秦艽Gentiana crasicaulis种子萌发的转录组信息及影响因子.方法 利用高通量测序技术测定粗茎秦艽种子萌发前、萌发中及萌发后3个阶段的转录组,并通过生物信息学技术进行分析.结果 共获得了149 463条Unigenes,平均长度为601.88 bp,其中79 412个Unigene获得注释.6943个基因差异表达,大部分表现为萌发后上调表达,其中5188个富集到GO条目中,1815个富集到KEGG通路中,大多参与光反应过程、细胞壁合成、脂质代谢及次生代谢中.单碱基到六碱基核苷酸的SSR重复类型均有检出,SSR发生频率为15.13％,出现频率为18.81％,平均每3199 bp就含有1个SSR位点,SSR重复类型丰富,数目较多.结论 粗茎秦艽种子萌发过程有大量调控基因参与,光照、激素为重要的调控因子,SSR专用标记的开发切实可靠,且为粗茎秦艽的次生代谢调控研究奠定了基础.