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微生物广泛存在于人类机体中，呼吸道虽然与外界环境连通，但传统观点却认为肺部处于相对无菌的环境。随着高通量测序技术在更多领域的应用，为更直接揭示呼吸道正常菌群与人体健康和疾病的关系提供了新的途径。消化道和呼吸道菌群在免疫功能调节方面存在复杂的相互作用，这些菌群间的动态变化对新生儿呼吸系统疾病的影响尚未可知。现对新生儿呼吸道微生态的形成和作用及其与疾病的关系进行综述。