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目的 探讨乙型流感病毒两大谱系的进化特征和进化规律.方法 从GenBank数据库下载1940-2012年乙型流感病毒流行株共126条,采用贝叶斯-马尔科夫链-蒙特卡洛(Bayesian-MCMC)和分子钟方法,对乙型流感病毒的HA1基因进行系统发育学分析,计算乙型流感病毒两大谱系可能的起源时间与分化时间.结果 1978-2010年乙型流感病毒Victoria系与Yamagata系的aa平均差异率为5.4％～ 10.2％,两谱系的aa差异和组间遗传距离随时间推移呈逐渐增大的趋势.与Victoria系毒株相比,Yamagata系全部毒株的163位aa及部分毒株的166位aa缺失,但是这些年来的乙型流感病毒HA1基因除个别位点外,尚未受到明显的正向选择压力.每年乙型流感病毒HA1基因的碱基替换速率为2.138×10-3(95％HPD:1.833×10-3～2.437×10-3)替代/位点,推算乙型流感病毒Victoria系和Yamagata系的最近共同祖先出现在1971年(95％HPD:1969-1972年),两大谱系的分化时间点分别为1973年(95％HPD:1971-1974年)和1977年(95％HPD:1975-1978年).结论 乙型流感Victoria系和Yamagata系均较以往发生大的变异,且两大谱系的差异日趋增大,将来有可能分化为不同的亚型,在流感监测中应密切关注这一变化及其流行病学意义。