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新兴产业创新过程具有明显的网络特征，产业中拥有自主知识产权与管理诀窍的领先企业与以模仿创新为主的跟随企业交互发展，形成了新兴产业创新网络并联模式。构建新兴产业创新网络资源配置函数，将创新网络资源配置最优解扩展为精英种群，应用双层结构的粒子群算法提高种群的多样性、提高算法全局搜索能力。实证研究表明，提高领先企业的开拓能力、创新网络联系强度、跟随企业的规模化能力是优化创新网络的关键。