但锦业公司对三项违法事实全部否认，认为“三种情况都无法造成阳宗海水体砷污染”，“即使存在该三项环境违法行为，也不会必然导致阳宗海受到政府所公布的如此程度的砷污染”。马军表示，锦业公司已经存在多年，但环保部门在日常的检查中，从来没有对其提出过这方面的整改意见，“只有两种可能，一是锦业公司根本就没有问题，二是调查人员失职”。
　　他说：“以云南省环境科学研究院教授郑志华为例，其既是当时锦业公司磷化锌制酸的环评专家，又是参与 污染事件调查的专家，同时还是最终指证企业具有污染事实的专家，这样的调查结果有失公正性。”
　　事实上，从2006年1月至2008年8月，玉溪市、澄江县各级环境监测部门对锦业公司进行了多次现场监测，对存在的问题提出了明确的整改要求；2001年至2008年，市县环保部门先后9次对该公司的各种环境违法行为进行了查处，不过，都没有涉及砷污染方面的情况。
　　“之前没有查出锦业公司有砷污染情况并不能证明它就不存在问题，政府在这方面是很慎重的，也是愿意承担责任的。”张咏在2009年1月13日说，“事发后这么多的领导干部被问责、被撤职和被逮捕等处置情况，已经能够回答锦业公司的质疑了，至于某专家的工作情况，那是上级机关的工作安排，作为下级部门无法评价。”
　　在12月16日的听证会上，锦业公司提出阳宗海真正的污染原因不能确定，“2008年6月，阳宗海水的砷含量为0.055毫克／升，而政府公布的2008年7月阳宗海被污染后的砷含量为0.16毫克／升。也就是说，阳宗海水里的砷含量在一个月内剧增，按阳宗海6亿立方米的水量，相当于一个月向水里投放了近70吨高纯度砷”。
　　锦业公司总经理李耀鸿认为，根据政府公布的数据，可以计算出阳宗海水里的砷含量为90－120吨，而按锦业公司的产量计算每年仅带出2吨砷，“即使全部直接投入阳宗海，要使其水体达到那样的砷污染含量水平需要20－50年的时间，更何况公司的生产工艺只需补水，不必排水，每天需补水1240吨，原料中所含的砷，绝大部分随产品带走”。另外，他还提出位于锦业公司山下取水口25米处涌泉点的砷含量，明显高于厂区内磷石膏堆放区的砷含量，“被污染源的砷含量更高，而污染源的砷含量则更低，说不定是含砷的泉水污染了厂区，这个可能性不能排除。”
　　而针对涌泉点的砷含量比附近污染土壤砷含量高的情况，李康龄教授认为“涌泉点的砷肯定不主要来自附近土壤，而是另有原因”。张咏坚持认为：“可以证明锦业公司是阳宗海砷污染的罪魁祸首的证据非常多，比如2008年5月底澄江县境内曾经下过一场暴雨，由于锦业公司不具备必要的环保设施，导致大量的污水混和着雨水直接流进了阳宗海。再比如锦业公司的水池存在落水洞，污水会随着地下渗透到阳宗海里。”
　　意外的情况是，昆明市环保局在2008年9月20日曾经发布消息称：“经过多点检测，阳宗海出湖河道的水体砷浓度正常，昆明的自来水供应正常。”
　　“出水口水体砷含量正常，是否能够说明阳宗海水体正常?阳宗海的水体究竟有没有被污染?如果没有，为何需要40亿至70亿元的治理费?如果被污染了，出水口的砷含量为什么又是达标的?”马军说。
　　
　　争议与辩解
　　
　　2008年12月23日，云南省“九大高原湖泊水污染综合防治办”发布的监测结果显示，阳宗海入湖泉水砷浓度含量已从2008年7月16日检测时的67.7毫克／升下降到10月初的25.42毫克／升，云南省环保局的官员表示阳宗海水体砷浓度上升的趋势基本得到遏制，湖中水体水质砷浓度基本趋于稳定。
　　“污染数据明显的下降显然与锦业公司被停产有直接关系，所以我们认为专家和政府的决策是正确的。”张咏说。
　　锦业公司的高级工程师王光军说：“但有个问题需要注意，即便按政府的说法其中下降的42.32毫克与锦业公司有关，那么就必须继续检测这个数字是否还在一直下降，如果它稳定在一定数值，就证明砷污染还有与锦业公司无关的其它稳定来源。”对此问题，张咏的看法是，“由于锦业公司周围的土壤长期被污染，积聚了大量的砷，所以相临的水体将长期被污染，相关数值在一定时期还将保持。”
　　另外王光军强调，阳宗海沿岸有许多企业，比如煤矿开采和火力发电厂生产、使用的煤都含有砷，都有可能形成砷污染，“政府应该重视这些情况，不要一味只往锦业公司找原因”。
　　李康龄教授认为王光军的观点有一定的科学道理：“煤炭大省山西就有一条硬性规定，没有经过化学处理的煤矿污水不能排出，重要原因之一就是其中含有大量的砷，容易对周边环境造成污染。”
　　“其实砷并非洪水猛兽，因为处理砷污染的方法很简单，只要加入生石灰就行，山西的煤矿多是采用这样的简单方法。”李康龄教授说，“这样砷经过化学反应后就会变成不溶于水的砷酸钙，很简单就可以从水里分离出来。阳宗海被砷污染的水只需要通过自来水处理设备就可以供人饮用，不会对人体造成伤害了。”
　　他还表示，目前中国执行的是国际和欧盟0.05毫克／升的标准，但是西班牙的标准是0.2毫克／升，法国的标准是0.5毫克／升，所以目前阳宗海的0.128毫克／升“并没有危险到不可救药”。
　　“阳宗海砷污染的消息出来后，我们马上进行了实验，计算出只需要2－3亿元就可以治理好6亿立方米水体。我不清楚那些说需要40亿－70亿元治理费用的数字是怎么算出来的，是否科学，某些人是否真的是为了治理污染?”李康龄教授说，“长期以来我都在关注滇池污染问题，总觉得它已经成为一笔糊涂账，一个大陷阱，但愿阳宗海不会成为下一个滇池。”
　　2008年7月17日，云南省水环境监测中心对锦业公司所在近岸水域水体砷浓度的监测结果为：水下0.5米、5米和10米分别为0.165毫克／升、0.252毫克／升和0.453毫克／升。据此，西南有色昆明勘测设计院提供的报告认为：锦业公司生产过程中产生的砷部分通过地下水、堆场外溢水和地表径流，进入阳宗海，造成水体污染。
　　“按照环保专家组提供的数据，水越深的地区砷含量越高，这样的情况显然是个悖论。”王光军说，“假设真的是锦业公司的各种污水污染了阳宗海水体，那么短时间内应该是浅水区砷含量高，深水区砷含量低才符合逻辑，因为锦业公司的污水只能是‘从上至下’地渗入。”
　　由此，经过在阳宗海沿岸两个多月的观察、研究后，他认为周边或湖底一定存在着含砷量极高的矿体，由于地质变动等因素在短时间里随温泉等渠道大量涌出，否则不可能让阳宗海的水体砷含量在一个月内突然升高。
　　李康龄教授说：“我也觉得阳宗海沿岸或者湖底应该存在着大量的砷元素，其经过特殊的地质活动后被击发出来，这也就是为什么靠近湖底的水体砷含量比湖面水体砷含量高的原因，由此可以推测阳宗海的水体砷污染是‘自下而上’的。”他强调，砷活动的频繁与地质活动有关，也与季节有关，“希望有关部门能够以科学的态度对待这些情况”。
　　马军也表示：“阳宗海水在2008年5月前还正常，6月就出现了根本性的变化，根据计算短短一个月湖里就增加了几十吨的砷。不能排除‘5·12地震’对湖底的地质结构造成了影响。”
　　不过，云南省环境保护局副局长杨志强 早在2008年9月19日就公开表示，经过近两个月的时间对阳宗海流域入湖河道、16家重点企业、湖面、地下水进行的排查监测和重点监测监察，和专家组分析研究，初步查明阳宗海水体砷污染不是通过入湖河流进入，也不似地震等自然突发事件诱发。
　　他同时称，锦业公司是造成阳宗海水体砷污染的主要来源之一，昆明柏联房地产开发有限公司昆明柏联温泉旅游分公司也存在砷污染隐患；另外，澄江县团山磷化工厂澄江县阳宗耐火材料厂、云南风鸣磷肥厂、昆明柏联房地产开发有限公司昆明柏联温泉旅游分公司、春城湖畔旅游置业发展有限公司、云南澄江阳宗海化工有限公司、宜良县汤池镇邱洪明废油废塑料回收厂等7家企业，存在不同程度的环境违法行为。
　　“但最后把所有的污染责任推给锦业公司是不恰当的，甚至别有用心。”锦业公司一名负责人说。
　　
　　基层环保部门的苦衷
　　
　　隶属云南省环保局的云南省环境监测中心站所公开发布的一些数据，也令人玩味。
　　在其网站上“九大高原湖泊水质环境月报表”中显示：2008年1月至8月，阳宗海水体的“综合类别”都处于二类与三类之间，“主要污染物”中从来没有出现过砷，但到9月水体“综合类别”突然变成劣五类，“主要污染物”也突然出现了砷，而随后的10月、11月和12月，“综合类别”仍然为劣五类，但“主要污染物”中又没有砷了。
　　2009年1月16日，负责监测阳宗海水体工作的昆明市环境监测中心有关人员在电话中表示：“监测工作天天都在做，而且定期都向昆明市环保局上报数据。”昆明市环保局办公室的工作人员则表示：“阳宗海监测数据属于国家机密，如果政府部门不主动公布，任何单位和个人都不能查询和透露，政府肯定会在适当的时候公布信息的。”不过至2009年2月，2008年第四季度阳宗海水体的监测数据仍然没有被公布。
　　对于锦业公司要求按法律程序对阳宗海的水质再次做出权威检测，澄江县新任环保局长张咏说：“按照现实的情况分析，让政府重新组织检测一次肯定有难度，如果企业有能力做我倒是不反对，的确应该让所有人都明明白白、心服口服。”
　　张咏表示，假如再次检测后发现事情真的弄错了，那么就该给企业和各种受处罚人员平反。在这次事故处理过程中，澄江县环保局时任局长马德芳、前任局长许绍武(已调任水利局长)、监察大队长及一名科长4人被捕，给他们带来了前所未有的压力。
　　“很多人都不了解基层环保部门的工作情况，比如企业的监管是由玉溪市环保局负责，阳宗海水体的监测是由昆明市环保局负责，所有数据和决策都来自上面，澄江县环保局只能是服从与执行。”张咏说，“污染情况主要发生在基层，但是各种科研部门、行政权力和人员配备都集中在大城市，基层在没有权力没有技术和人员的情况下很难主动开展工作。”
　　他举例说：“比如到了2009年1月，澄江县环保局都还没有得到过一份详细的阳宗海水体变动的官方数据，这让我们基层如何开展工作?”
　　玉溪市26名被问责的干部，目前一部分已经被逮捕收押(个别涉嫌经济问题)，另外一部分则不愿意公开面对媒体，不过在听证会结束后，一个地址为“玉溪市环境监测站”，署名为“玉溪一名环保工作者”的人给马军律师写了一封亲笔信，当中似乎透露出了事件的一些端倪：“玉溪各界干部、群众至全省地州各族群众对省委、省政府没有对省环保局、昆明市环保局进行问责感到疑惑和不满”、“我们玉溪各界对26名干部被问责强烈不满，就是因为省环保局批示成立了锦业公司，又是他们说阳宗海的水质分析由昆明方面做。所以长期以来我们玉溪的环保工作者注重阳宗海的大气监测，而没有进行水质分析，根本无法知道水被污染……真正的罪魁省环保局却逍遥法外，省环保局说阳宗海要花3年时间，70亿才能治理好，但为什么现在还未治理水质就已恢复了?”
　　该亲笔信最后表示：“2008年12月26日，宜良县汤池一带发生了4.3级地震，阳宗海水质有没有发生变化?如发生变化就说明阳宗海污染是地质变化引起。”不过，云南省各级环境监测部门在此次地震后并没有相关阳宗海水质变化的数据公布。