【目的】赣南脐橙黄龙病发生危害严重，分析赣南脐橙黄龙病患病植株和健康植株根际土壤微生物多样性和群落组成，可为黄龙病新型生态防控提供参考依据。【方法】本研究以赣南脐橙黄龙病典型患病植株、疑似患病植株、健康植株根际土壤和裸地土壤为研究对象，利用高通量测序技术比较分析样品间微生物多样性和群落结构特征，并探讨土壤理化性质与微生物群落的关系。【结果】赣南脐橙患病植株根际土壤细菌群落的丰富度和多样性均高于健康植株根际土壤，其真菌群落的多样性也高于健康植株根际土壤，但真菌群落丰富度低于健康植株根际土壤；脐橙患病植株与健康植株根际土壤微生物群落组成相似，但相对丰度存在差异；在门水平上，患病植株根际土壤中绿弯菌门、酸杆菌门等菌门增加，而放线菌门、担子菌门等菌门有所减少；在属水平上，患病植株根际土壤中芽杆孢菌属、篮状菌属等有益菌属减少，而镰刀菌属、曲霉属等致病菌属则有所增加；患病植株根际土壤中全氮、全磷含量均低于健康植株根际土壤，而全碳含量高于健康植株根际土壤，全磷是影响样本根际土壤微生物多样性和群落组成变化的主要因素。【结论】赣南脐橙感染黄龙病后，其根际土壤理化性质发生了明显变化，土壤微生物多样性和群落组成也有所改变，这些差异在一定程度上体现了黄龙病对脐橙根际微生态的影响。