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目前，日本航空自卫队的最高指挥机构为航空幕僚监部，它相当于欧美国家的空军司令部或空军参谋部。航空幕僚监部的最高军事指挥官为航空幕僚长，它相当于欧美国家的空军司令员或空军参谋长。
日本航空幕僚监部（空幕）
航空幕僚监部（日本空军司令部）
日本防卫省航空幕僚监部为日本航空自卫队最高领导机构、空军军种司令部，相当于其他国家国防机构中的空军司令部或空军参谋部，为日本防卫省特别机关之一，简称空幕。目前，空幕办公机关位于日本东京都新宿区市谷本村町5单元1号日本防卫省办公大楼A栋内，其上级领导机关为日本防卫省。
空幕作为日本防卫大臣（防卫相）的空军军种幕僚（参谋）机关，主要承担日本航空自卫队防卫和警备计划立案等任务。空幕主要构成人员为航空自卫官（空军现役军人，包括军官和士兵），这些空军军兵种参谋人员可凭借自身专业的军兵种知识为日本防卫大臣出谋划策。空幕最高军事长官为航空幕僚长，也是航空自卫官，级别最高，另设一名航空幕僚副长（副司令员）。
日本空军司令部核心领导仅由航空幕僚长和航空幕僚副长2人构成，其中，航空幕僚长为4星空军上将，航空幕僚副长为3星空军中将。纵观整个日本陆海空三军自卫队，日军所有部队司令部（无一例外）核心领导均由2人构成，一名主官，一名副职，副职要么配副长，要么配幕僚长（参谋长），副长和幕僚长只配一人【注1】。
目前，空幕不仅承担第二次世界大战前由日本参谋本部和军令部承担的军令下达任务，同时，还要与统合幕僚监部和日本防卫省内部部局联合对日本航空自卫队包括预算、人事、总务、编制、编成、采购等一切日常事务进行全面的管理和协调，这意味着空幕与陆幕（陆上幕僚监部）、海幕（海上幕僚监部）一样要同时承担着军令和军政双重职责。对于由日本防卫省内部部局（简称内局）和统幕（统合幕僚监部）掌管的事务，它们一旦落实到空幕范围内，空幕还要对其进行必要的调整，比如内局的防卫政策科、统幕的防卫科、空幕的防卫科之间保持着密切的业务联系，前两者对防卫事务制定了相关政策后，空幕防卫科要站在航空自卫队的角度对这些防卫政策阐述自己的意见和见解，经过彼此不断的协商，达到一致后才能落实。相反，如果航空自卫队有一些专管的事务需要落实，那么首先需要与空幕协商、制定计划然后立案，最后要经由日本防卫省内局进行调整，统幕对一些事务进行调整、统一后落实。鉴于此，空幕的现行内部部局等组织机构与日本防卫省内局和统幕基本相似。
空幕与日本航空自卫队同时创建于1954年7月1日。2006年3月27日，空幕内部组织机构进行了重大改编，调查部改编为运用支援情报部，防卫部运用科改编为运用支援情报部运用支援科，调查部调查科改编为运用支援情报部情报科，技术部技术第1科和技术第2科改编为技术科，总务部法务科改编为首席法务官。
截至2014年，空幕内部组织机构采取“6部3官”运行体制，具体如下：
总务部（部长：2星空军少将），下设总务科和财务科;人事教育部（部长：2星空军少将），下设人事计划科、任免科、福利科、援护业务科和教育科;防卫部（部长：2星空军少将），下设防卫科、装备体系科、情报通信科和设施科;运用支援情报部（部长：2星空军少将），下设运用支援科和情报科;装备部（部长：2星空军少将），下设装备科、补给科和维修科;技术部（部长：2星空军少将），下设技术科。航空幕僚监部直属设一名监察官（2星空军少将），一名首席法务官（空军上校）和一名首席卫生官（2星空军少将）。航空幕僚长（日本空军司令员）
航空幕僚长是航空幕僚监部最高长官、航空自卫官中的1号人物，级别最高，接受日本防卫大臣的指挥和领导，他主要承担航空自卫队任务及队员的服务监督职责，他是日本防卫大臣最高级别的空军参谋人员。航空幕僚长军衔设置为4星空军上将，它是日本航空自卫队数万队员中唯一的4星上将，但不是日本防卫省中的唯一4星上将，统合幕僚长（联合参谋长）的军衔可能也是4星空军上将，有时航空幕僚长卸任后可能担任统合幕僚长一职。
现任航空幕僚长为2013年8月22日任职的齐藤治和4星上将，其前职为日本航空自卫队航空总队司令官【注2】。
日本航空幕僚长的最长任职不到3年，短的只有几个月，2年任期的航空幕僚长占大多数，这样短的任职时间可以有效防止腐败案的发生。纵观整个日本陆海空三军自卫队，所有部队军官首长的任职情况都是如此，这应该是受《自卫队法》的规定和限制【注3】。
同时还有一个特点，自第20任航空幕僚长之后，日本的航空幕僚长全是日本防卫大学毕业生，这与日本陆上自卫队和日本海上自卫队基本相同。另外，升任日本航空幕僚长机会最大的3星空军中将指挥官是航空总队司令官，这个职位是日本空军作战部队的最高军事指挥官。航空幕僚副长（日本空军副司令员）
航空幕僚副长是航空幕僚监部的第2号长官，相当于欧美国家军队的空军副司令员，其军衔设置为3星空军中将，为航空幕僚长的副手。现任航空幕僚副长为2013年8月22日任职的福江广明3星上将。
日本防卫省及三军司令部驻地
日本防卫省市谷地区军事基地位于东京都新宿区市谷本村町5单元11号，为日本防卫省重要的国防基础设施之一，日本陆上自卫队将其称为市谷驻屯地，日本航空自卫队将其称为市谷基地，日本海上自卫队将其称为市谷地区，而日本防卫省则将其统称为市谷地区军事基地。
目前，市谷地区军事基地是日本国家防御的指挥中枢，这座军事基地内不仅驻有日本防卫省的省内各个部局，同时还驻有统合幕僚监部（联合司令部、参谋长联席会议）、陆上幕僚监部（日本陆军司令部）、海上幕僚监部（日本海军司令部）和航空幕僚监部。
市谷驻屯地司令由日本陆上自卫队中央业务支援队长兼任，市谷基地司令由日本航空自卫队中央业务队司令兼任。为了增强日本国民的国防意识，日本防卫省允许市谷地区军事基地面向日本普通民众开放，因此，一般的日本人都可以到市谷军事重地内参观，但核心的军事基础设施不会开放。 日本航空自卫队“垂直指挥体系编成”
截至2014年，日本航空自卫队的最高指挥机构为航空幕僚监部，下设五大核心司令部，分别是航空总队、航空支援集团、航空教育集团、航空开发实验集团和航空自卫队补给本部，这五大司令部都是3星司令部，各部最高指挥官均可升任航空幕僚长。不过，航空总队司令官升任机会最大，补给本部长升任机会最小。
五大司令部司令官对上接受航空幕僚长的指挥与领导，向下指挥与领导所属各大部队的指挥官，从而构成一个金字塔形的垂直指挥体系。
航空总队——核心作战力量
航空总队是日本航空自卫队中的战斗机部队、防空导弹部队、航空警戒管制部队、航空救援部队等防空作战部队的总和，它与航空支援集团、航空教育集团、航空开发实验集团和航空自卫队补给司令部共同组成日本航空自卫队的五大核心司令部。
目前，航空总队核心作战力量由三大航空方面队（空军军区）、一个航空混成团和十大司令部直辖部队组成。其中，三大航空方面队分别是北部航空方面队（司令部：三泽空军基地）、中部航空方面队（司令部：入间空军基地）和西部航空方面队（司令部：春日空军基地），一个航空混成团为西南航空混成团（司令部：那霸空军基地）。
北部航空方面队
北部航空方面队简称“北空”，于1958年8月1日组建，主要防卫责任区为日本北海道地区和东北地区北部，核心作战力量为2个航空团和2个高射群，共计4个战斗机飞行队和8个高射队，外加9个警戒群/队（固定雷达站，主要承担对空监视任务）。
中部航空方面队
中部航空方面队简称“中空”，于1958年8月1日组建，主要防卫责任区为日本东北地区南部、关东地区、中部地区和近畿地区，主要承担日本海、太平洋两侧的空中警戒任务，并对俄罗斯飞机实施紧急拦截等，其核心作战力量为2个航空团和2个高射群，共计4个战斗机飞行队和8个高射队，外加8个警戒群/队（固定雷达站，主要承担对空监视任务）。
西部航空方面队
西部航空方面队简称“西空”，于1959年3月1日组建，主要防卫责任区为日本九州地区、中国【注4】地区及四国地区，主要承担日本海南部的空中警戒任务，并对来自中国东海的中国飞机实施紧急拦截等，其核心作战力量为2个航空团和1个高射群，共计3个战斗机飞行队和4个高射队，外加7个警戒群/队（固定雷达站，主要承担对空监视任务）。
西南航空混成团
西南航空混成团简称“南混”，是日本航空自卫队中唯一的航空混成团，与其他三个航空方面队一同接受航空总队的指挥与领导，于1973年10月16日组建，主要防卫责任区为琉球群岛，包括奄美诸岛、冲绳诸岛、先岛诸岛等日本西南诸岛，主要承担西南诸岛的空中警戒任务以及中国东海和西太平洋方向的防空任务，并对来自中国东部沿海的中国飞机实施紧急拦截等。西南航空混成团的部队编制要比三大航空方面队小一些，其核心作战力量仅有1个航空队和1个高射群，共计1个战斗机飞行队和4个高射队，外加4个警戒群/队（固定雷达站，主要承担对空监视任务）。
航空总队司令部十大直辖部队
航空总队司令部十大直辖部队分别是航空救援团、警戒航空队（包括飞行警戒监视队和飞行警戒管制队）、侦察航空队及下属第501飞行队、作战情报队、防空指挥群、程序管理队、航空总队司令部飞行队及下属电子战支援队和电子飞行测定队、飞行教导队、高射教导队、基地警备教导队。
航空支援集团——作战支援部队
航空支援集团为日本航空自卫队航空运输、航空管制、航空气象等航空支援部队司令部，其司令部驻地设在东京都府中基地内，航空支援集团司令官接受日本防卫大臣指挥和领导。
截至2014年，航空支援集团下设7支航空支援部队，分别是第1、第2、第3运输航空队，航空保安管制群及下属飞行管理队、飞行情报队、航空气象群、飞行点检队、特别航空运输队。
航空教育集团——教育与训练部队
航空教育集团为日本航空自卫队中一般性训练、飞行训练、技术训练等部队的司令部，其司令部驻地设在静冈县滨松市的滨松基地内，航空教育集团司令官要接受日本防卫大臣指挥和领导。
截至2014年，除航空教育集团司令部外，航空教育集团下属部队编制共14个，分别是第1和第4航空团，第11、第12、第13飞行教育团，航空教育队，飞行教育航空队，教材整备队，航空自卫队干部候补生学校，航空自卫队第1、第2、第3、第4、第5技术学校。
航空自卫队补给本部——后勤司令部
航空自卫队补给本部是日本航空自卫队中的弹药、油料、被装、粮食、一般性军需物资等各种物资的后勤补给司令部。截至2014年，航空自卫队补给本部由补给本部司令部以及第2补给处（航空机械部件补给处）、第3补给处（航空器材补给处）和第4补给处（武器弹药补给处）三大补给处组成。
航空开发实验集团——武器装备实验部队
航空开发实验集团为日本航空自卫队列装飞机、机载设备、机载武器的开发和研究部队司令部，其司令部驻地设在入间基地内。2013年末，司令部搬迁至府中基地内。航空开发实验集团司令官接受日本防卫大臣指挥和领导。
截至2014年，航空开发实验集团部队编制包括总务部（设总务科、人事科）、研究开发部（设计划科、开发科、研究科和航空医学科）、装备科、监理监察官、医务官、飞行开发实验团（岐阜基地）、电子开发实验群（入间基地）和航空医学实验队（1部和2部设在立川分屯基地内，3部和4部设在入间基地内）。
日本航空自卫队空军基地的战略布局
截至2014年，日本航空自卫队建有大规模的现代化空军基地群，这些空军基地无论从建设规模、基础设施种类等硬件环境来看，还是从现代化水平、自动化程度、科技含量等软件投入上来衡量，它们都达到了世界最高标准的美国空军基地的水平，甚至在某些方面已经超越北约标准。而在亚洲范围内，日本的空军基础设施算是超一流标准，遥遥领先于其他国家。 从总体战略态势来看，日本空军基地布局呈现出“突出两翼、加强京畿、渐增西南”的态势，“突出两翼”就是突出日本北方领土的北海道地区和东北地区的东翼，以及突出日本西部领土的中国【注5】（同注4）地区、四国地区和九州地区的西翼：“加强京畿”就是加强日本首都圈所在地的关东地区及其外围中部地区和关西地区的空军基地建设;“渐增西南”就是不断加强在日本西南诸岛（包括奄美诸岛、冲绳诸岛、先岛诸岛等琉球群岛）范围内的空军基地建设。
“突出两翼”就是着重前线部署、前沿部署、御敌于国门之外，例如，东翼的三泽基地、千岁基地、松岛基地等战略型空军基地的建设是为了突出防御俄罗斯的空军力量，并将俄罗斯空军力量尽力限制在津轻海峡以北的区域。西翼的新田原基地、筑城基地、芦屋基地等战略型空军基地的建设是为了突出防御中国的空军力量以及朝鲜的弹道导弹威胁，从而将中国的空军力量限制在东海以西。
“加强京畿”是日本空中防御的最后一道防线，它关系到日本的生死存亡，因此，日本京畿重地及周边地区遍布战略空军基地，包括入间基地、横田基地、百里基地、岐阜基地、小松基地、小牧基地等，它们的核心任务都是护卫日本京畿。
“渐增西南”是日本空军力量近年来不断增强在西南诸岛的空军基地建设，以防御中国空军力量，例如，其不断加大对西南地区唯一的战略空军基地那霸基地的建设以及其他前沿警戒雷达基地、防空导弹基地的建设。
总之，日本空军基地建设基于“专守防卫”的战略原则，并将防卫能力发挥得淋漓尽致，日本空白堪称是世界上防空能力最强的部队之一，仅次于美国空军，而这些防空能力的基础就是遍布日本全国的空军基地。
综合来看，日本航空自卫队的空军基地大致可分为大型空军机场（部署各机型）、警戒雷达基地、防空导弹基地、教育与训练基地和补给基地等类型。从分布区域来看，日本航空自卫队现役的空军基础设施按照由北至南、由东至西的顺序可划分为八大地区（见附表）。
如果从所承担的任务角度划分，日本航空自卫队的空军基地可进行如下分类：
11个“战略级”空军基地
截至2014年，日本航空自卫队共设置了11个战略级空军基地，分别是市谷基地、横田基地、三泽基地、千岁基地、入间基地、百里基地、小松基地、春日基地、新田原基地、筑城基地和那霸基地。其中，市谷基地、横田基地、入间基地、春日基地完全是作战指挥基地，三泽基地和那霸基地既是作战指挥基地也是作战基地，另外五个基地是完全的作战基地。
市谷基地位于日本首都东京新宿区，为日本航空自卫队司令部——航空幕僚监部的驻地，这里是日本航空自卫队的最高指挥核心，所有涉及日本全国、全军规模的作战与训练命令都由这里发出。
横田基地位于日本东京都福生市，这里是驻日美军司令部、驻日美国空军第五军司令部两大司令部驻地以及日本航空自卫队航空总队司令部驻地，作为日美空军联合作战指挥中心，所有涉及日美空军联合作战与训练的命令都由这里发出。
三泽基地和千岁基地是北空责任区内的两大战略空军基地，三泽基地设在日本东北地区北部的青森县境内，部署北空司令部、北空作战指挥所、北空防空指令所（DC）、第3航空团战斗指挥所4个作战指挥机构以及第3航空团这支作战部队。千岁基地设在北海道南部千岁市内，部署第2航空团战斗指挥所和第2航空团。上述两个空军基地是北空责任区内最核心的作战指挥基地与作战基地。
人间基地、百里基地和小松基地是中空责任区内的三大战略空军基地。其中，入间基地设在日本关东地区的埼玉县狭山市和入间市内，它与市谷基地、横田基地相距不远，可以构成战略态势上的呼应，入间基地部署中空司令部、中空作战指挥所和中空防空指令所（DC）3个作战指挥机构。百里基地设在日本关东地区茨城县小美玉市内，部署第7航空团战斗指挥所和第7航空团。小松基地设在日本中部地区石川县小松市内，部署第6航空团战斗指挥所和第6航空团。上述3个空军基地是中空责任区内最核心的作战指挥基地与作战基地。
春日基地、新田原基地和筑城基地是西空责任区内的三大战略空军基地。其中，春日基地设在日本北九州地区的福冈县春日市内，部署西空司令部、西空作战指挥所和西空防空指令所（DC）3个作战指挥机构。筑城基地设在日本北九州地区的福冈县筑上郡内，部署第8航空团战斗指挥所和第8航空团。新田原基地设在日本南九州地区的宫崎县儿汤郡内，部署第5航空团战斗指挥所和第5航空团。上述3个空军基地是西空责任区内最核心的作战指挥基地与作战基地。
那霸基地是日本西南诸岛唯一的战略级空军基地，部署南混司令部、南混作战指挥所和南混防空指令所（Dc）3个作战指挥机构以及第83航空队战斗指挥所和第83航空队。与北空、中空、西空8个战略空军基地相比，那霸基地的军事部署更加集中。
17个“战役级”防空导弹基地
截至2014年，日本航空自卫队在全国共建有17个战役级防空导弹基地，这些基地主要承担陆基弹道导弹末段拦截、侵犯领空敌机拦截等作战任务，通过这些防空导弹基地的建设，日本航空自卫队构筑了亚洲范围内技战术水平最高、综合作战能力最强大、防空拦截最密集的地空导弹防御网络。这17个防空导弹基地中的4个建设在北空责任区、7个建设在中空责任区、3个建设在西空责任、3个建设在南混责任区。
其中，北空责任区内的4个防空导弹基地分别是第3高射群之第9高射队和第10O高射队所在的千岁基地、第3高射群之第11高射队和第24高射队所在的长沼分屯基地、第6高射群之第20高射队和第23高射队所在的八云分屯基地以及第6高射群之第21高射队和第22高射队所在的车力分屯基地。这些防空导弹基地主要承担日本北方领空的防空保护职责，包括北海道地区和东北地区北部。
中空责任区内的7个防空导弹基地分别是第1高射群之第4高射队所在的入间基地、第1高射群之第1高射队所在的习志野分屯基地、第1高射群之第2高射队所在的武山分屯基地、第1高射群之第3高射队所在的霞浦分屯基地、第4高射群之第13高射队和第15高射队所在的岐阜基地、第4高射群之第12高射队所在的饗庭野分屯基地以及第4高射群之第14高射队所在的白山分屯基地。综合来看，中空责任区内的防空导弹基地数量最多，不过，其中人间基地、霞浦分屯基地、习志野分屯基地和武山分屯基地内的4座防空导弹基地都集中建设在日本关东地区，它们与日本陆上自卫队的中近程地空导弹部队主要承担日本东京首都圈的防空保护重任。另外，日本中部地区只建有岐阜一个防空导弹基地，不过，该防空导弹基地规模很大，各项基础设施非常健全。 西空责任区内的3个防空导弹基地分别是第2高射群之第5高射队和第6高射队所在的芦屋基地、第2高射群之第7高射队所在的筑城基地和第2高射群之第8高射队所在的高良台分屯基地。这些防空导弹基地主要承担日本九州地区、中国地区【注6】（同注4）和四国地区的防空保护任务。
南混责任区内的3个防空导弹基地分别是第5高射群之第17高射队所在的那霸基地、第5高射群之第16高射队和第18高射队所在的知念分屯基地以及第5高射群之第19高射队所在的恩纳分屯基地。这些防空导弹基地主要承担日本西南诸岛中的吐噶喇列岛、奄美诸岛、冲绳诸岛、先岛诸岛等琉球群岛的防空保护任务。
28个“战术级”防空警戒雷达基地
截至2014年，日本航空自卫队北空下辖的北部航空警戒管制团、中空下辖的中空航空警戒管制团、西空下辖的西部航空警戒管制团以及南混下辖的西南航空管制队四大警戒管制部队在日本全国共建设了28个战术级对空警戒与监视雷达站，这些雷达站是日本对空警戒与监视的“神经末稍”。同时，它们也是日本航空自卫队苦心经营的自动警戒系统（巴其系统）的核心组成部分。只有这些“神经末梢”存在，日本航空自卫队的战斗机部队和防空导弹部队才有制敌的“千里眼”和“顺风耳”，鉴于这些雷达站的重要作用，日本航空自卫队持续投入大量资金对雷达站内的基础设施及雷达设施进行建设，以巩固日本的防空基础。
北部航空警戒管制团下辖的9个防空警戒雷达基地分别是第18警戒队所在的稚内分屯基地、第26警戒队所在的根室分屯基地、第28警戒队所在的纲走分屯基地、第29警戒队所在的奥尻岛分屯基地、第33警戒队所在的加茂分屯基地、第36警戒队所在的襟裳分屯基地、第37警戒队所在的山田分屯基地、第42警戒群所在的大凑分屯基地和第45警戒群所在的当别分屯基地。
中部航空警戒管制团下辖的8个防空警戒雷达基地分别是第1警戒群所在的笠取山分屯基地、第5警戒队所在的串本分屯基地、第22警戒队所在的御前崎分屯基地、第23警戒群所在的轮岛分屯基地、第27警戒群所在的大泷根山分屯基地、第35警戒队所在的经岬分屯基地、第44警戒队所在的峰冈山分屯基地和第46警戒群所在的佐渡分屯基地。
西部航空警戒管制团下辖的7个防空警戒雷达基地分别是第7警戒队所在的高尾山分屯基地、第9警戒队所在的下甑岛分屯基地、第15警戒队所在的福江岛分屯基地、第17警戒队所在的见岛分屯基地、第19警戒队所在的海栗岛分屯基地、第13警戒群所在的高烟山分屯基地和第43警戒群所在的脊振山分屯基地。
西南航空警戒管制队下辖的4个防空警戒雷达基地分别是第53警戒队所在的宫古岛山分屯基地、第54警戒队所在的久米岛分屯基地、第55警戒队所在的冲永良部岛分屯基地和第56警戒队所在的与座岳分屯基地。
3个“战略级”空运基地
截至2014年，日本航空自卫队共建有3个战略级的空运基地，分别是小牧基地、入间基地和美保基地。其中，小牧基地和入间基地位于日本国土的中部地区，美保基地位于日本西部地区。
小牧基地是日本现役最大的空军运输机基地、唯一的C-130H运输机基地和唯一的KC-767J空中加油运输机基地，美保基地是日本最大的C-1运输机基地和唯一的YS-11型运输机基地，而入间基地则是第二个C-1运输机基地。小牧基地部署航空支援集团之第1运输航空队，入间基地部署第2运输航空队，美保基地部署第3运输航空队，这些基地和空运部队承担着日本全国乃至全球范围内的空中物资与人员运输任务。
10个空军教育与训练基地
截至2014年，日本航空自卫队共建有10个空军教育与训练基地，分别是滨松基地、松岛基地、奈良基地、静滨基地、防府北基地、防府南基地、芦屋基地、熊谷基地、新田原基地和小牧基地。
其中，滨松基地是日本航空自卫队的教育与训练大本营，部署航空教育集团司令部、第1航空团、第1技术学校、第2技术学校四大教育与训练部队。松岛基地部署第4航空团、F-2战斗机飞行员培训中心。奈良基地部署日本航空自卫队干部候补生学校，这里是日本航空自卫队初级军官的摇篮、日本唯一的空军初级干部培训中心。其他教育与训练基地则承担着各自不同的教学任务。
7个中央级补给基地
截至2014年，日本航空自卫队共建有7个中央级的补给基地，分别是十条基地、岐阜基地、入间基地、高藏寺分屯基地、东北町分屯基地、木更津分屯基地和立川分屯基地。
其中，十条基地部署日本航空自卫队补给本部司令部，它是日本航空自卫队的补给大本营，所有补给都要由这个司令部进行管理和分配。岐阜基地部署第2补给处，这个基地主要面向日本航空自卫队全军提供航空机械部件的补给业务。入间基地部署第3补给处和第4补给处，该基地主要提供航空器材、武器装备、弹药等补给业务。高藏寺分屯基地和东北町分屯基地是日本航空自卫队一东一西两个大型空军弹药补给基地，它们负责面向日本航空自卫队全军提供弹药补给业务。至于木更津分屯基地和立川分屯基地则提供其他空军物资补给。
日本航空自卫队诸兵种及各级作战部队编成
与欧美国家空军一样，日本航空自卫队也设置有非常健全的空军各兵种，而且日本航空自卫队的空军兵种设置更加规范。日本航空自卫队中从事不同兵种职业的军人需要经过漫长而专业的空军兵种技能教育、培训与训练，而在整个服役期间，每名军人所属兵种几乎不变更，直到退出现役。
从整个亚洲乃至世界范围来看，日本航空自卫队不仅兵种设置相当完备，并且不同兵种的队员都拥有世界一流的兵种知识与技能，在单兵知识与技能较量中，日本空军拥有绝对的优势。在亚洲范围内，日本空军不同兵种的单兵拥有最高的技战术水平。从战术水平来看，日本空军不同兵种的单兵是亚洲其他国家空军士兵的几倍;从技术水平来看，日本空军不同兵种的单兵则是亚洲其他国家空军士兵的十几倍。 日本航空自卫队的兵种设置
日本航空自卫队将“兵种”称为“职种”，特指空军中的各种职业种类或专业技术岗位，各个职种均有各自的职种徽章体系。
目前，日本航空自卫队的职种设置大约有30种，最主要的有飞行、航空管制、要击（拦截）管制、高射运用、高射整备（维修）、程序、气象、通信电子、武装、整备（维修）、设施、卫生、法务、总务人事、警备、音乐、会计、补给、运输、研究开发等。
日本航空自卫队的部队编制
截至2014年，日本航空自卫队的部队编制主要有航空方面队、航空混成团、航空团、团、群、队等级别，另有更小规模的小队、班、组等部队编制。
日本航空自卫队的航空方面队与航空混成团
航空方面队是日本航空自卫队中的战斗航空部队，隶属于航空总队编制之下，主要承担某主管空域内的全面防空任务，它相当于日本陆上自卫队中的“方面队”。
航空方面队相当于中国空军的军区级部队，其司令员（日军称司令官）为3星中将军衔，其下属部队包括战斗机部队、防空导弹部队、航空警戒管制部队以及直辖部队等。其中，战斗机部队编制2个航空团、防空导弹部队编制1个至2个高射群、航空警戒管制部队编制1个航空警戒管制团，直辖部队包括航空设施队、航空军乐队等不同职种部队。截至2014年，日本航空自卫队共设有3个航空方面队，分别是北部航空方面队（北部空军军区）、中部航空方面队（中部空军军区）和西部航空方面队（西部空军军区）。
航空混成团与航空方面队的级别相同，都为军区级，不过部队编制规模稍小一些，例如，航空混成团的战斗机部队编制只有1个航空队、防空导弹部队编制只有1个高射群、航空警戒管制部队编制只有1个航空警戒管制队等。截至2014年，日本航空自卫队只设有一个航空混成团——西南航空混成团（西南空军军区）。
日本航空自卫队的团
日本航空自卫队的“团”编制相当于美国空军的联队，其指挥官为团司令，通常由2星空军少将或一等空佐（空军上校）担任，团司令的辅助业务一般由幕僚长担任。
此外，在有些情况下，虽然部队名称是“队”编制，不过其实际规模却与“团”相当，例如，航空教育队、航空系统通信队等。航空教育队下辖第1教育群、第2教育群和学生队3个“群”编制的部队。
截至2014年，日本航空自卫队中具备“团”级编制的部队共有21个，分别是日本防卫大臣直辖的航空系统通信队和航空安全管理队;
航空总队下辖的第2、第3、第5、第6、第7、第8、第83航空团，北部、中部、西部航空警戒管制团，西南航空警戒管制队和航空救援团;
航空教育集团下辖的第1和第4航空团，第11、第12和第13飞行教育团，航空教育队;
航空开发实验集团下辖的飞行开发实验团。
日本航空自卫队的航空团
日本航空自卫队的航空团编制接近于美国空军的联队（WING），其指挥官由一名2星空军少将（相当于美国空军OF-7）担任，其下核心作战力量为飞行群——相当于美国空军的大队（GROUP）。不过，鉴于一个航空团仅编制一个飞行群，因此从部队规模来看，航空团的编制更接近于英国皇家空军的大队。
与英国皇家空军类似，日本航空自卫队的航空团没有再设置像美国空军的空军师一样的上级直接指挥部队，其上级部队就是航空方面队。各航空团司令部下设飞行群、维修补给群和基地业务群三大业务群。
截至2014年，日本航空自卫队三个航空方面队下辖6个航空团（战斗航空团），外加航空教育集团下辖的2个航空团（教育航空团），总计8个航空团，南混下辖的第83航空队预计要升级为航空团，届时，日本航空自卫队将会有9个编制的航空团。现役8个航空团分别是北空下辖的第2和第3航空团，中空下辖的第6和第7航空团，西空下辖的第5和第8航空团，航空教育集团下辖第1和第4航空团。
每个航空团的编制包括司令、副司令、副官、安全班、监理部、人事部、防卫部、装备部、卫生班、飞行群、维修补给群和基地业务群。其中，飞行群下设群本部和2个战斗机飞行队;维修补给群下设群本部、检查队、装备队、修理队、车辆器材队和补给队;基地业务群下设群本部、基地防空队、飞机场勤务队、设施队、通信队、管理队、业务队、会计队和卫生队。日本航空自卫队的群
日本航空自卫队的“群”编制是比“团”（联队）小、“队”（中队）大的部队，通常情况下，几个“队”便可构成“群”，几个“群”便可构成“团”，这个群编制规模相当于美国空军的大队（GROUP）。“群”的指挥官为群司令，一般由一等空佐（空军上校）或二等空佐（空军中校）担任。
截至2014年，日本航空自卫队航空总队下辖的“群”部队有第2、第3、第5、第6、第7、第8航空团飞行群，北部、中部、西部、西南防空管制群，第1、第13、第23、第27、第42、第43、第4b、第56警戒群，第1、第2、第3、第4、第5、第6高射群，第2、第3、第5、第6、第7、第8航空团维修补给群，北部、中部、西部航空警戒管制团维修补给群，第83航空队维修补给群，警戒航空队第1和第2维修群，第2、第3、第5、第6、第7、第8航空团基地业务，中部和西部航空警戒管制团基地业务群，第83航空队基地业务群，航空救援团飞行群，航空救援团维修群，防空指挥群和作战情报群。
航空支援集团下辖的“群”部队有第1、第2、第3运输航空队飞行群，第1、第2、第3运输航空队维修补给群，第1和第3运输航空队基地业务群，航空保安管制群和航空气象群。
航空教育集团下辖的“群”部队有第1和第4航空团飞行群，第11、第12、第13飞行教育团飞行教育群，航空学员教育群，第1和第2教育群，第1和第4航空团维修补给群，第11、第12、第13飞行教育团维修补给群，第1和第4航空团基地业务群，第11、第12、第13飞行教育团基地业务群和航空教育队基地业务群。 航空开发实验集团下辖的“群”部队有飞行开发实验团维修群、电子开发实验群和飞行开发实验团飞行实验群。日本航空自卫队的队
日本航空自卫队的“队”编制相当于美国空军的中队（SQUADRON），其下设部队包括小队、班等。不过，有些部队的名称虽然是“队”，但其实际编制相当于“团”。整体来看，日本航空自卫队中的“队”五花八门，有飞行队、警戒队、高射队、基地防空队、设施队、军乐队、救援队、直升机空运队、管制队等，“队”可以说是日本航空自卫队中最基本的部队编制。
截至2014年，日本航空自卫队中拥有“队”名称的编制部队如下：
日本防卫大臣直辖部队有航空警务队、航空机动卫生队、航空系统通信队、航空安全管理队、航空中央军乐队和航空中央业务队。
航空总队所属飞行队有第2航空团飞行群下辖第201和第203飞行队、第3航空团飞行群下辖第3和第8飞行队、第5航空团飞行群下辖第301飞行队、第6航空团飞行群下辖第303和第306飞行队、第7航空团飞行群下辖第302和第305飞行队、第8航空团飞行群下辖第6和第304飞行队、第83航空队下辖第204飞行队、警戒航空队下辖飞行警戒监视队和飞行警戒管制队、侦察航空队飞行群下辖第501飞行队、航空总队司令部飞行队和飞行教导队。
航空总队所属警戒队有北部航空警戒管制团下辖第18、第26、第28、第29、第33、第36、第37警戒队，第42、第45警戒群和第1移动警戒队。中部航空警戒管制团下辖第5、第22、第35、第44、第46警戒队，第23和第27警戒群，第2移动警戒队和硫黄岛基地队。西部航空警戒管制团下辖第7、第9、第15、第17、第19警戒队，第43警戒群，第3和第7移动警戒队，土佐清水通信队。西南航空警戒管制下辖第53、第54、第55警戒队，第56警戒群，第4移动警戒队和奄美通信队。
航空总队所属高射队有第1高射群下辖第1、第2、第3、第4高射队;第2高射群下辖第5、第6、第7、第8高射队;第3高射群下辖第9、第10、第11、第24高射队;第4高射群下辖第12、第13、第14、第15高射队;第5高射群下辖第16、第17、第18、第1 9高射队;第6高射群下辖第20、第21、第22、第23高射队;高射教导队。
航空总队所属基地防空队有第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8和第83基地防空队。
航空总队所属设施队有北部航空设施队、中部航空设施队、西部航空设施队和西南航空设施队，所属军乐队有北部、中部、西部和西南航空军乐队，所属救援队有千岁、秋田、松岛、百里、新泻、滨松、小松、芦屋、新田原和那霸救援队，所属直升机空运队有三泽、入间、春日和那霸直升机空运队。航空总队其他直辖部队还有作战情报队、程序管理队以及航空救援团直辖救援教育队和维修群本部等。
航空支援集团所属飞行队有第1运输航空队飞行群下辖第401和第404飞行队、第2运输航空队飞行群下辖第402飞行队、第3运输航空队飞行群下辖第403和第41飞行队、特别航空运输队下辖第701飞行队。航空支援集团直辖部队有飞行点检队，航空保安管理群下辖航空保安管制群本部，飞行管理队，千岁、三泽、松岛、百里、入间、滨松、静滨、小松、小牧、春日、筑城、新田原、那霸管制队和移动管制队。
航空教育集团所属飞行队有第1航空团飞行群下辖第31和第32飞行队、第4航空团飞行群下辖第11和第21飞行队，第11飞行教育团飞行群下辖第1和第2飞行教育队、第12飞行教育团飞行群下辖第1和第2飞行教育队、第13飞行教育团飞行群下辖第1和第2飞行教育队，飞行教育航空队下辖第23飞行队。航空教育集团直辖部队有航空教育队和教材维修队。
航空开发实验集团所属部队有航空医学实验队。
日本航空幕僚监部（空幕）
航空幕僚监部（日本空军司令部）
日本防卫省航空幕僚监部为日本航空自卫队最高领导机构、空军军种司令部，相当于其他国家国防机构中的空军司令部或空军参谋部，为日本防卫省特别机关之一，简称空幕。目前，空幕办公机关位于日本东京都新宿区市谷本村町5单元1号日本防卫省办公大楼A栋内，其上级领导机关为日本防卫省。
空幕作为日本防卫大臣（防卫相）的空军军种幕僚（参谋）机关，主要承担日本航空自卫队防卫和警备计划立案等任务。空幕主要构成人员为航空自卫官（空军现役军人，包括军官和士兵），这些空军军兵种参谋人员可凭借自身专业的军兵种知识为日本防卫大臣出谋划策。空幕最高军事长官为航空幕僚长，也是航空自卫官，级别最高，另设一名航空幕僚副长（副司令员）。
日本空军司令部核心领导仅由航空幕僚长和航空幕僚副长2人构成，其中，航空幕僚长为4星空军上将，航空幕僚副长为3星空军中将。纵观整个日本陆海空三军自卫队，日军所有部队司令部（无一例外）核心领导均由2人构成，一名主官，一名副职，副职要么配副长，要么配幕僚长（参谋长），副长和幕僚长只配一人【注1】。
目前，空幕不仅承担第二次世界大战前由日本参谋本部和军令部承担的军令下达任务，同时，还要与统合幕僚监部和日本防卫省内部部局联合对日本航空自卫队包括预算、人事、总务、编制、编成、采购等一切日常事务进行全面的管理和协调，这意味着空幕与陆幕（陆上幕僚监部）、海幕（海上幕僚监部）一样要同时承担着军令和军政双重职责。对于由日本防卫省内部部局（简称内局）和统幕（统合幕僚监部）掌管的事务，它们一旦落实到空幕范围内，空幕还要对其进行必要的调整，比如内局的防卫政策科、统幕的防卫科、空幕的防卫科之间保持着密切的业务联系，前两者对防卫事务制定了相关政策后，空幕防卫科要站在航空自卫队的角度对这些防卫政策阐述自己的意见和见解，经过彼此不断的协商，达到一致后才能落实。相反，如果航空自卫队有一些专管的事务需要落实，那么首先需要与空幕协商、制定计划然后立案，最后要经由日本防卫省内局进行调整，统幕对一些事务进行调整、统一后落实。鉴于此，空幕的现行内部部局等组织机构与日本防卫省内局和统幕基本相似。
空幕与日本航空自卫队同时创建于1954年7月1日。2006年3月27日，空幕内部组织机构进行了重大改编，调查部改编为运用支援情报部，防卫部运用科改编为运用支援情报部运用支援科，调查部调查科改编为运用支援情报部情报科，技术部技术第1科和技术第2科改编为技术科，总务部法务科改编为首席法务官。
截至2014年，空幕内部组织机构采取“6部3官”运行体制，具体如下：
总务部（部长：2星空军少将），下设总务科和财务科;人事教育部（部长：2星空军少将），下设人事计划科、任免科、福利科、援护业务科和教育科;防卫部（部长：2星空军少将），下设防卫科、装备体系科、情报通信科和设施科;运用支援情报部（部长：2星空军少将），下设运用支援科和情报科;装备部（部长：2星空军少将），下设装备科、补给科和维修科;技术部（部长：2星空军少将），下设技术科。航空幕僚监部直属设一名监察官（2星空军少将），一名首席法务官（空军上校）和一名首席卫生官（2星空军少将）。航空幕僚长（日本空军司令员）
航空幕僚长是航空幕僚监部最高长官、航空自卫官中的1号人物，级别最高，接受日本防卫大臣的指挥和领导，他主要承担航空自卫队任务及队员的服务监督职责，他是日本防卫大臣最高级别的空军参谋人员。航空幕僚长军衔设置为4星空军上将，它是日本航空自卫队数万队员中唯一的4星上将，但不是日本防卫省中的唯一4星上将，统合幕僚长（联合参谋长）的军衔可能也是4星空军上将，有时航空幕僚长卸任后可能担任统合幕僚长一职。
现任航空幕僚长为2013年8月22日任职的齐藤治和4星上将，其前职为日本航空自卫队航空总队司令官【注2】。
日本航空幕僚长的最长任职不到3年，短的只有几个月，2年任期的航空幕僚长占大多数，这样短的任职时间可以有效防止腐败案的发生。纵观整个日本陆海空三军自卫队，所有部队军官首长的任职情况都是如此，这应该是受《自卫队法》的规定和限制【注3】。
同时还有一个特点，自第20任航空幕僚长之后，日本的航空幕僚长全是日本防卫大学毕业生，这与日本陆上自卫队和日本海上自卫队基本相同。另外，升任日本航空幕僚长机会最大的3星空军中将指挥官是航空总队司令官，这个职位是日本空军作战部队的最高军事指挥官。航空幕僚副长（日本空军副司令员）
航空幕僚副长是航空幕僚监部的第2号长官，相当于欧美国家军队的空军副司令员，其军衔设置为3星空军中将，为航空幕僚长的副手。现任航空幕僚副长为2013年8月22日任职的福江广明3星上将。
日本防卫省及三军司令部驻地
日本防卫省市谷地区军事基地位于东京都新宿区市谷本村町5单元11号，为日本防卫省重要的国防基础设施之一，日本陆上自卫队将其称为市谷驻屯地，日本航空自卫队将其称为市谷基地，日本海上自卫队将其称为市谷地区，而日本防卫省则将其统称为市谷地区军事基地。
目前，市谷地区军事基地是日本国家防御的指挥中枢，这座军事基地内不仅驻有日本防卫省的省内各个部局，同时还驻有统合幕僚监部（联合司令部、参谋长联席会议）、陆上幕僚监部（日本陆军司令部）、海上幕僚监部（日本海军司令部）和航空幕僚监部。
市谷驻屯地司令由日本陆上自卫队中央业务支援队长兼任，市谷基地司令由日本航空自卫队中央业务队司令兼任。为了增强日本国民的国防意识，日本防卫省允许市谷地区军事基地面向日本普通民众开放，因此，一般的日本人都可以到市谷军事重地内参观，但核心的军事基础设施不会开放。 日本航空自卫队“垂直指挥体系编成”
截至2014年，日本航空自卫队的最高指挥机构为航空幕僚监部，下设五大核心司令部，分别是航空总队、航空支援集团、航空教育集团、航空开发实验集团和航空自卫队补给本部，这五大司令部都是3星司令部，各部最高指挥官均可升任航空幕僚长。不过，航空总队司令官升任机会最大，补给本部长升任机会最小。
五大司令部司令官对上接受航空幕僚长的指挥与领导，向下指挥与领导所属各大部队的指挥官，从而构成一个金字塔形的垂直指挥体系。
航空总队——核心作战力量
航空总队是日本航空自卫队中的战斗机部队、防空导弹部队、航空警戒管制部队、航空救援部队等防空作战部队的总和，它与航空支援集团、航空教育集团、航空开发实验集团和航空自卫队补给司令部共同组成日本航空自卫队的五大核心司令部。
目前，航空总队核心作战力量由三大航空方面队（空军军区）、一个航空混成团和十大司令部直辖部队组成。其中，三大航空方面队分别是北部航空方面队（司令部：三泽空军基地）、中部航空方面队（司令部：入间空军基地）和西部航空方面队（司令部：春日空军基地），一个航空混成团为西南航空混成团（司令部：那霸空军基地）。
北部航空方面队
北部航空方面队简称“北空”，于1958年8月1日组建，主要防卫责任区为日本北海道地区和东北地区北部，核心作战力量为2个航空团和2个高射群，共计4个战斗机飞行队和8个高射队，外加9个警戒群/队（固定雷达站，主要承担对空监视任务）。
中部航空方面队
中部航空方面队简称“中空”，于1958年8月1日组建，主要防卫责任区为日本东北地区南部、关东地区、中部地区和近畿地区，主要承担日本海、太平洋两侧的空中警戒任务，并对俄罗斯飞机实施紧急拦截等，其核心作战力量为2个航空团和2个高射群，共计4个战斗机飞行队和8个高射队，外加8个警戒群/队（固定雷达站，主要承担对空监视任务）。
西部航空方面队
西部航空方面队简称“西空”，于1959年3月1日组建，主要防卫责任区为日本九州地区、中国【注4】地区及四国地区，主要承担日本海南部的空中警戒任务，并对来自中国东海的中国飞机实施紧急拦截等，其核心作战力量为2个航空团和1个高射群，共计3个战斗机飞行队和4个高射队，外加7个警戒群/队（固定雷达站，主要承担对空监视任务）。
西南航空混成团
西南航空混成团简称“南混”，是日本航空自卫队中唯一的航空混成团，与其他三个航空方面队一同接受航空总队的指挥与领导，于1973年10月16日组建，主要防卫责任区为琉球群岛，包括奄美诸岛、冲绳诸岛、先岛诸岛等日本西南诸岛，主要承担西南诸岛的空中警戒任务以及中国东海和西太平洋方向的防空任务，并对来自中国东部沿海的中国飞机实施紧急拦截等。西南航空混成团的部队编制要比三大航空方面队小一些，其核心作战力量仅有1个航空队和1个高射群，共计1个战斗机飞行队和4个高射队，外加4个警戒群/队（固定雷达站，主要承担对空监视任务）。
航空总队司令部十大直辖部队
航空总队司令部十大直辖部队分别是航空救援团、警戒航空队（包括飞行警戒监视队和飞行警戒管制队）、侦察航空队及下属第501飞行队、作战情报队、防空指挥群、程序管理队、航空总队司令部飞行队及下属电子战支援队和电子飞行测定队、飞行教导队、高射教导队、基地警备教导队。
航空支援集团——作战支援部队
航空支援集团为日本航空自卫队航空运输、航空管制、航空气象等航空支援部队司令部，其司令部驻地设在东京都府中基地内，航空支援集团司令官接受日本防卫大臣指挥和领导。
截至2014年，航空支援集团下设7支航空支援部队，分别是第1、第2、第3运输航空队，航空保安管制群及下属飞行管理队、飞行情报队、航空气象群、飞行点检队、特别航空运输队。
航空教育集团——教育与训练部队
航空教育集团为日本航空自卫队中一般性训练、飞行训练、技术训练等部队的司令部，其司令部驻地设在静冈县滨松市的滨松基地内，航空教育集团司令官要接受日本防卫大臣指挥和领导。
截至2014年，除航空教育集团司令部外，航空教育集团下属部队编制共14个，分别是第1和第4航空团，第11、第12、第13飞行教育团，航空教育队，飞行教育航空队，教材整备队，航空自卫队干部候补生学校，航空自卫队第1、第2、第3、第4、第5技术学校。
航空自卫队补给本部——后勤司令部
航空自卫队补给本部是日本航空自卫队中的弹药、油料、被装、粮食、一般性军需物资等各种物资的后勤补给司令部。截至2014年，航空自卫队补给本部由补给本部司令部以及第2补给处（航空机械部件补给处）、第3补给处（航空器材补给处）和第4补给处（武器弹药补给处）三大补给处组成。
航空开发实验集团——武器装备实验部队
航空开发实验集团为日本航空自卫队列装飞机、机载设备、机载武器的开发和研究部队司令部，其司令部驻地设在入间基地内。2013年末，司令部搬迁至府中基地内。航空开发实验集团司令官接受日本防卫大臣指挥和领导。
截至2014年，航空开发实验集团部队编制包括总务部（设总务科、人事科）、研究开发部（设计划科、开发科、研究科和航空医学科）、装备科、监理监察官、医务官、飞行开发实验团（岐阜基地）、电子开发实验群（入间基地）和航空医学实验队（1部和2部设在立川分屯基地内，3部和4部设在入间基地内）。
日本航空自卫队空军基地的战略布局
截至2014年，日本航空自卫队建有大规模的现代化空军基地群，这些空军基地无论从建设规模、基础设施种类等硬件环境来看，还是从现代化水平、自动化程度、科技含量等软件投入上来衡量，它们都达到了世界最高标准的美国空军基地的水平，甚至在某些方面已经超越北约标准。而在亚洲范围内，日本的空军基础设施算是超一流标准，遥遥领先于其他国家。 从总体战略态势来看，日本空军基地布局呈现出“突出两翼、加强京畿、渐增西南”的态势，“突出两翼”就是突出日本北方领土的北海道地区和东北地区的东翼，以及突出日本西部领土的中国【注5】（同注4）地区、四国地区和九州地区的西翼：“加强京畿”就是加强日本首都圈所在地的关东地区及其外围中部地区和关西地区的空军基地建设;“渐增西南”就是不断加强在日本西南诸岛（包括奄美诸岛、冲绳诸岛、先岛诸岛等琉球群岛）范围内的空军基地建设。
“突出两翼”就是着重前线部署、前沿部署、御敌于国门之外，例如，东翼的三泽基地、千岁基地、松岛基地等战略型空军基地的建设是为了突出防御俄罗斯的空军力量，并将俄罗斯空军力量尽力限制在津轻海峡以北的区域。西翼的新田原基地、筑城基地、芦屋基地等战略型空军基地的建设是为了突出防御中国的空军力量以及朝鲜的弹道导弹威胁，从而将中国的空军力量限制在东海以西。
“加强京畿”是日本空中防御的最后一道防线，它关系到日本的生死存亡，因此，日本京畿重地及周边地区遍布战略空军基地，包括入间基地、横田基地、百里基地、岐阜基地、小松基地、小牧基地等，它们的核心任务都是护卫日本京畿。
“渐增西南”是日本空军力量近年来不断增强在西南诸岛的空军基地建设，以防御中国空军力量，例如，其不断加大对西南地区唯一的战略空军基地那霸基地的建设以及其他前沿警戒雷达基地、防空导弹基地的建设。
总之，日本空军基地建设基于“专守防卫”的战略原则，并将防卫能力发挥得淋漓尽致，日本空白堪称是世界上防空能力最强的部队之一，仅次于美国空军，而这些防空能力的基础就是遍布日本全国的空军基地。
综合来看，日本航空自卫队的空军基地大致可分为大型空军机场（部署各机型）、警戒雷达基地、防空导弹基地、教育与训练基地和补给基地等类型。从分布区域来看，日本航空自卫队现役的空军基础设施按照由北至南、由东至西的顺序可划分为八大地区（见附表）。
如果从所承担的任务角度划分，日本航空自卫队的空军基地可进行如下分类：
11个“战略级”空军基地
截至2014年，日本航空自卫队共设置了11个战略级空军基地，分别是市谷基地、横田基地、三泽基地、千岁基地、入间基地、百里基地、小松基地、春日基地、新田原基地、筑城基地和那霸基地。其中，市谷基地、横田基地、入间基地、春日基地完全是作战指挥基地，三泽基地和那霸基地既是作战指挥基地也是作战基地，另外五个基地是完全的作战基地。
市谷基地位于日本首都东京新宿区，为日本航空自卫队司令部——航空幕僚监部的驻地，这里是日本航空自卫队的最高指挥核心，所有涉及日本全国、全军规模的作战与训练命令都由这里发出。
横田基地位于日本东京都福生市，这里是驻日美军司令部、驻日美国空军第五军司令部两大司令部驻地以及日本航空自卫队航空总队司令部驻地，作为日美空军联合作战指挥中心，所有涉及日美空军联合作战与训练的命令都由这里发出。
三泽基地和千岁基地是北空责任区内的两大战略空军基地，三泽基地设在日本东北地区北部的青森县境内，部署北空司令部、北空作战指挥所、北空防空指令所（DC）、第3航空团战斗指挥所4个作战指挥机构以及第3航空团这支作战部队。千岁基地设在北海道南部千岁市内，部署第2航空团战斗指挥所和第2航空团。上述两个空军基地是北空责任区内最核心的作战指挥基地与作战基地。
人间基地、百里基地和小松基地是中空责任区内的三大战略空军基地。其中，入间基地设在日本关东地区的埼玉县狭山市和入间市内，它与市谷基地、横田基地相距不远，可以构成战略态势上的呼应，入间基地部署中空司令部、中空作战指挥所和中空防空指令所（DC）3个作战指挥机构。百里基地设在日本关东地区茨城县小美玉市内，部署第7航空团战斗指挥所和第7航空团。小松基地设在日本中部地区石川县小松市内，部署第6航空团战斗指挥所和第6航空团。上述3个空军基地是中空责任区内最核心的作战指挥基地与作战基地。
春日基地、新田原基地和筑城基地是西空责任区内的三大战略空军基地。其中，春日基地设在日本北九州地区的福冈县春日市内，部署西空司令部、西空作战指挥所和西空防空指令所（DC）3个作战指挥机构。筑城基地设在日本北九州地区的福冈县筑上郡内，部署第8航空团战斗指挥所和第8航空团。新田原基地设在日本南九州地区的宫崎县儿汤郡内，部署第5航空团战斗指挥所和第5航空团。上述3个空军基地是西空责任区内最核心的作战指挥基地与作战基地。
那霸基地是日本西南诸岛唯一的战略级空军基地，部署南混司令部、南混作战指挥所和南混防空指令所（Dc）3个作战指挥机构以及第83航空队战斗指挥所和第83航空队。与北空、中空、西空8个战略空军基地相比，那霸基地的军事部署更加集中。
17个“战役级”防空导弹基地
截至2014年，日本航空自卫队在全国共建有17个战役级防空导弹基地，这些基地主要承担陆基弹道导弹末段拦截、侵犯领空敌机拦截等作战任务，通过这些防空导弹基地的建设，日本航空自卫队构筑了亚洲范围内技战术水平最高、综合作战能力最强大、防空拦截最密集的地空导弹防御网络。这17个防空导弹基地中的4个建设在北空责任区、7个建设在中空责任区、3个建设在西空责任、3个建设在南混责任区。
其中，北空责任区内的4个防空导弹基地分别是第3高射群之第9高射队和第10O高射队所在的千岁基地、第3高射群之第11高射队和第24高射队所在的长沼分屯基地、第6高射群之第20高射队和第23高射队所在的八云分屯基地以及第6高射群之第21高射队和第22高射队所在的车力分屯基地。这些防空导弹基地主要承担日本北方领空的防空保护职责，包括北海道地区和东北地区北部。
中空责任区内的7个防空导弹基地分别是第1高射群之第4高射队所在的入间基地、第1高射群之第1高射队所在的习志野分屯基地、第1高射群之第2高射队所在的武山分屯基地、第1高射群之第3高射队所在的霞浦分屯基地、第4高射群之第13高射队和第15高射队所在的岐阜基地、第4高射群之第12高射队所在的饗庭野分屯基地以及第4高射群之第14高射队所在的白山分屯基地。综合来看，中空责任区内的防空导弹基地数量最多，不过，其中人间基地、霞浦分屯基地、习志野分屯基地和武山分屯基地内的4座防空导弹基地都集中建设在日本关东地区，它们与日本陆上自卫队的中近程地空导弹部队主要承担日本东京首都圈的防空保护重任。另外，日本中部地区只建有岐阜一个防空导弹基地，不过，该防空导弹基地规模很大，各项基础设施非常健全。 西空责任区内的3个防空导弹基地分别是第2高射群之第5高射队和第6高射队所在的芦屋基地、第2高射群之第7高射队所在的筑城基地和第2高射群之第8高射队所在的高良台分屯基地。这些防空导弹基地主要承担日本九州地区、中国地区【注6】（同注4）和四国地区的防空保护任务。
南混责任区内的3个防空导弹基地分别是第5高射群之第17高射队所在的那霸基地、第5高射群之第16高射队和第18高射队所在的知念分屯基地以及第5高射群之第19高射队所在的恩纳分屯基地。这些防空导弹基地主要承担日本西南诸岛中的吐噶喇列岛、奄美诸岛、冲绳诸岛、先岛诸岛等琉球群岛的防空保护任务。
28个“战术级”防空警戒雷达基地
截至2014年，日本航空自卫队北空下辖的北部航空警戒管制团、中空下辖的中空航空警戒管制团、西空下辖的西部航空警戒管制团以及南混下辖的西南航空管制队四大警戒管制部队在日本全国共建设了28个战术级对空警戒与监视雷达站，这些雷达站是日本对空警戒与监视的“神经末稍”。同时，它们也是日本航空自卫队苦心经营的自动警戒系统（巴其系统）的核心组成部分。只有这些“神经末梢”存在，日本航空自卫队的战斗机部队和防空导弹部队才有制敌的“千里眼”和“顺风耳”，鉴于这些雷达站的重要作用，日本航空自卫队持续投入大量资金对雷达站内的基础设施及雷达设施进行建设，以巩固日本的防空基础。
北部航空警戒管制团下辖的9个防空警戒雷达基地分别是第18警戒队所在的稚内分屯基地、第26警戒队所在的根室分屯基地、第28警戒队所在的纲走分屯基地、第29警戒队所在的奥尻岛分屯基地、第33警戒队所在的加茂分屯基地、第36警戒队所在的襟裳分屯基地、第37警戒队所在的山田分屯基地、第42警戒群所在的大凑分屯基地和第45警戒群所在的当别分屯基地。
中部航空警戒管制团下辖的8个防空警戒雷达基地分别是第1警戒群所在的笠取山分屯基地、第5警戒队所在的串本分屯基地、第22警戒队所在的御前崎分屯基地、第23警戒群所在的轮岛分屯基地、第27警戒群所在的大泷根山分屯基地、第35警戒队所在的经岬分屯基地、第44警戒队所在的峰冈山分屯基地和第46警戒群所在的佐渡分屯基地。
西部航空警戒管制团下辖的7个防空警戒雷达基地分别是第7警戒队所在的高尾山分屯基地、第9警戒队所在的下甑岛分屯基地、第15警戒队所在的福江岛分屯基地、第17警戒队所在的见岛分屯基地、第19警戒队所在的海栗岛分屯基地、第13警戒群所在的高烟山分屯基地和第43警戒群所在的脊振山分屯基地。
西南航空警戒管制队下辖的4个防空警戒雷达基地分别是第53警戒队所在的宫古岛山分屯基地、第54警戒队所在的久米岛分屯基地、第55警戒队所在的冲永良部岛分屯基地和第56警戒队所在的与座岳分屯基地。
3个“战略级”空运基地
截至2014年，日本航空自卫队共建有3个战略级的空运基地，分别是小牧基地、入间基地和美保基地。其中，小牧基地和入间基地位于日本国土的中部地区，美保基地位于日本西部地区。
小牧基地是日本现役最大的空军运输机基地、唯一的C-130H运输机基地和唯一的KC-767J空中加油运输机基地，美保基地是日本最大的C-1运输机基地和唯一的YS-11型运输机基地，而入间基地则是第二个C-1运输机基地。小牧基地部署航空支援集团之第1运输航空队，入间基地部署第2运输航空队，美保基地部署第3运输航空队，这些基地和空运部队承担着日本全国乃至全球范围内的空中物资与人员运输任务。
10个空军教育与训练基地
截至2014年，日本航空自卫队共建有10个空军教育与训练基地，分别是滨松基地、松岛基地、奈良基地、静滨基地、防府北基地、防府南基地、芦屋基地、熊谷基地、新田原基地和小牧基地。
其中，滨松基地是日本航空自卫队的教育与训练大本营，部署航空教育集团司令部、第1航空团、第1技术学校、第2技术学校四大教育与训练部队。松岛基地部署第4航空团、F-2战斗机飞行员培训中心。奈良基地部署日本航空自卫队干部候补生学校，这里是日本航空自卫队初级军官的摇篮、日本唯一的空军初级干部培训中心。其他教育与训练基地则承担着各自不同的教学任务。
7个中央级补给基地
截至2014年，日本航空自卫队共建有7个中央级的补给基地，分别是十条基地、岐阜基地、入间基地、高藏寺分屯基地、东北町分屯基地、木更津分屯基地和立川分屯基地。
其中，十条基地部署日本航空自卫队补给本部司令部，它是日本航空自卫队的补给大本营，所有补给都要由这个司令部进行管理和分配。岐阜基地部署第2补给处，这个基地主要面向日本航空自卫队全军提供航空机械部件的补给业务。入间基地部署第3补给处和第4补给处，该基地主要提供航空器材、武器装备、弹药等补给业务。高藏寺分屯基地和东北町分屯基地是日本航空自卫队一东一西两个大型空军弹药补给基地，它们负责面向日本航空自卫队全军提供弹药补给业务。至于木更津分屯基地和立川分屯基地则提供其他空军物资补给。
日本航空自卫队诸兵种及各级作战部队编成
与欧美国家空军一样，日本航空自卫队也设置有非常健全的空军各兵种，而且日本航空自卫队的空军兵种设置更加规范。日本航空自卫队中从事不同兵种职业的军人需要经过漫长而专业的空军兵种技能教育、培训与训练，而在整个服役期间，每名军人所属兵种几乎不变更，直到退出现役。
从整个亚洲乃至世界范围来看，日本航空自卫队不仅兵种设置相当完备，并且不同兵种的队员都拥有世界一流的兵种知识与技能，在单兵知识与技能较量中，日本空军拥有绝对的优势。在亚洲范围内，日本空军不同兵种的单兵拥有最高的技战术水平。从战术水平来看，日本空军不同兵种的单兵是亚洲其他国家空军士兵的几倍;从技术水平来看，日本空军不同兵种的单兵则是亚洲其他国家空军士兵的十几倍。 日本航空自卫队的兵种设置
日本航空自卫队将“兵种”称为“职种”，特指空军中的各种职业种类或专业技术岗位，各个职种均有各自的职种徽章体系。
目前，日本航空自卫队的职种设置大约有30种，最主要的有飞行、航空管制、要击（拦截）管制、高射运用、高射整备（维修）、程序、气象、通信电子、武装、整备（维修）、设施、卫生、法务、总务人事、警备、音乐、会计、补给、运输、研究开发等。
日本航空自卫队的部队编制
截至2014年，日本航空自卫队的部队编制主要有航空方面队、航空混成团、航空团、团、群、队等级别，另有更小规模的小队、班、组等部队编制。
日本航空自卫队的航空方面队与航空混成团
航空方面队是日本航空自卫队中的战斗航空部队，隶属于航空总队编制之下，主要承担某主管空域内的全面防空任务，它相当于日本陆上自卫队中的“方面队”。
航空方面队相当于中国空军的军区级部队，其司令员（日军称司令官）为3星中将军衔，其下属部队包括战斗机部队、防空导弹部队、航空警戒管制部队以及直辖部队等。其中，战斗机部队编制2个航空团、防空导弹部队编制1个至2个高射群、航空警戒管制部队编制1个航空警戒管制团，直辖部队包括航空设施队、航空军乐队等不同职种部队。截至2014年，日本航空自卫队共设有3个航空方面队，分别是北部航空方面队（北部空军军区）、中部航空方面队（中部空军军区）和西部航空方面队（西部空军军区）。
航空混成团与航空方面队的级别相同，都为军区级，不过部队编制规模稍小一些，例如，航空混成团的战斗机部队编制只有1个航空队、防空导弹部队编制只有1个高射群、航空警戒管制部队编制只有1个航空警戒管制队等。截至2014年，日本航空自卫队只设有一个航空混成团——西南航空混成团（西南空军军区）。
日本航空自卫队的团
日本航空自卫队的“团”编制相当于美国空军的联队，其指挥官为团司令，通常由2星空军少将或一等空佐（空军上校）担任，团司令的辅助业务一般由幕僚长担任。
此外，在有些情况下，虽然部队名称是“队”编制，不过其实际规模却与“团”相当，例如，航空教育队、航空系统通信队等。航空教育队下辖第1教育群、第2教育群和学生队3个“群”编制的部队。
截至2014年，日本航空自卫队中具备“团”级编制的部队共有21个，分别是日本防卫大臣直辖的航空系统通信队和航空安全管理队;
航空总队下辖的第2、第3、第5、第6、第7、第8、第83航空团，北部、中部、西部航空警戒管制团，西南航空警戒管制队和航空救援团;
航空教育集团下辖的第1和第4航空团，第11、第12和第13飞行教育团，航空教育队;
航空开发实验集团下辖的飞行开发实验团。
日本航空自卫队的航空团
日本航空自卫队的航空团编制接近于美国空军的联队（WING），其指挥官由一名2星空军少将（相当于美国空军OF-7）担任，其下核心作战力量为飞行群——相当于美国空军的大队（GROUP）。不过，鉴于一个航空团仅编制一个飞行群，因此从部队规模来看，航空团的编制更接近于英国皇家空军的大队。
与英国皇家空军类似，日本航空自卫队的航空团没有再设置像美国空军的空军师一样的上级直接指挥部队，其上级部队就是航空方面队。各航空团司令部下设飞行群、维修补给群和基地业务群三大业务群。
截至2014年，日本航空自卫队三个航空方面队下辖6个航空团（战斗航空团），外加航空教育集团下辖的2个航空团（教育航空团），总计8个航空团，南混下辖的第83航空队预计要升级为航空团，届时，日本航空自卫队将会有9个编制的航空团。现役8个航空团分别是北空下辖的第2和第3航空团，中空下辖的第6和第7航空团，西空下辖的第5和第8航空团，航空教育集团下辖第1和第4航空团。
每个航空团的编制包括司令、副司令、副官、安全班、监理部、人事部、防卫部、装备部、卫生班、飞行群、维修补给群和基地业务群。其中，飞行群下设群本部和2个战斗机飞行队;维修补给群下设群本部、检查队、装备队、修理队、车辆器材队和补给队;基地业务群下设群本部、基地防空队、飞机场勤务队、设施队、通信队、管理队、业务队、会计队和卫生队。日本航空自卫队的群
日本航空自卫队的“群”编制是比“团”（联队）小、“队”（中队）大的部队，通常情况下，几个“队”便可构成“群”，几个“群”便可构成“团”，这个群编制规模相当于美国空军的大队（GROUP）。“群”的指挥官为群司令，一般由一等空佐（空军上校）或二等空佐（空军中校）担任。
截至2014年，日本航空自卫队航空总队下辖的“群”部队有第2、第3、第5、第6、第7、第8航空团飞行群，北部、中部、西部、西南防空管制群，第1、第13、第23、第27、第42、第43、第4b、第56警戒群，第1、第2、第3、第4、第5、第6高射群，第2、第3、第5、第6、第7、第8航空团维修补给群，北部、中部、西部航空警戒管制团维修补给群，第83航空队维修补给群，警戒航空队第1和第2维修群，第2、第3、第5、第6、第7、第8航空团基地业务，中部和西部航空警戒管制团基地业务群，第83航空队基地业务群，航空救援团飞行群，航空救援团维修群，防空指挥群和作战情报群。
航空支援集团下辖的“群”部队有第1、第2、第3运输航空队飞行群，第1、第2、第3运输航空队维修补给群，第1和第3运输航空队基地业务群，航空保安管制群和航空气象群。
航空教育集团下辖的“群”部队有第1和第4航空团飞行群，第11、第12、第13飞行教育团飞行教育群，航空学员教育群，第1和第2教育群，第1和第4航空团维修补给群，第11、第12、第13飞行教育团维修补给群，第1和第4航空团基地业务群，第11、第12、第13飞行教育团基地业务群和航空教育队基地业务群。 航空开发实验集团下辖的“群”部队有飞行开发实验团维修群、电子开发实验群和飞行开发实验团飞行实验群。日本航空自卫队的队
日本航空自卫队的“队”编制相当于美国空军的中队（SQUADRON），其下设部队包括小队、班等。不过，有些部队的名称虽然是“队”，但其实际编制相当于“团”。整体来看，日本航空自卫队中的“队”五花八门，有飞行队、警戒队、高射队、基地防空队、设施队、军乐队、救援队、直升机空运队、管制队等，“队”可以说是日本航空自卫队中最基本的部队编制。
截至2014年，日本航空自卫队中拥有“队”名称的编制部队如下：
日本防卫大臣直辖部队有航空警务队、航空机动卫生队、航空系统通信队、航空安全管理队、航空中央军乐队和航空中央业务队。
航空总队所属飞行队有第2航空团飞行群下辖第201和第203飞行队、第3航空团飞行群下辖第3和第8飞行队、第5航空团飞行群下辖第301飞行队、第6航空团飞行群下辖第303和第306飞行队、第7航空团飞行群下辖第302和第305飞行队、第8航空团飞行群下辖第6和第304飞行队、第83航空队下辖第204飞行队、警戒航空队下辖飞行警戒监视队和飞行警戒管制队、侦察航空队飞行群下辖第501飞行队、航空总队司令部飞行队和飞行教导队。
航空总队所属警戒队有北部航空警戒管制团下辖第18、第26、第28、第29、第33、第36、第37警戒队，第42、第45警戒群和第1移动警戒队。中部航空警戒管制团下辖第5、第22、第35、第44、第46警戒队，第23和第27警戒群，第2移动警戒队和硫黄岛基地队。西部航空警戒管制团下辖第7、第9、第15、第17、第19警戒队，第43警戒群，第3和第7移动警戒队，土佐清水通信队。西南航空警戒管制下辖第53、第54、第55警戒队，第56警戒群，第4移动警戒队和奄美通信队。
航空总队所属高射队有第1高射群下辖第1、第2、第3、第4高射队;第2高射群下辖第5、第6、第7、第8高射队;第3高射群下辖第9、第10、第11、第24高射队;第4高射群下辖第12、第13、第14、第15高射队;第5高射群下辖第16、第17、第18、第1 9高射队;第6高射群下辖第20、第21、第22、第23高射队;高射教导队。
航空总队所属基地防空队有第2、第3、第4、第5、第6、第7、第8和第83基地防空队。
航空总队所属设施队有北部航空设施队、中部航空设施队、西部航空设施队和西南航空设施队，所属军乐队有北部、中部、西部和西南航空军乐队，所属救援队有千岁、秋田、松岛、百里、新泻、滨松、小松、芦屋、新田原和那霸救援队，所属直升机空运队有三泽、入间、春日和那霸直升机空运队。航空总队其他直辖部队还有作战情报队、程序管理队以及航空救援团直辖救援教育队和维修群本部等。
航空支援集团所属飞行队有第1运输航空队飞行群下辖第401和第404飞行队、第2运输航空队飞行群下辖第402飞行队、第3运输航空队飞行群下辖第403和第41飞行队、特别航空运输队下辖第701飞行队。航空支援集团直辖部队有飞行点检队，航空保安管理群下辖航空保安管制群本部，飞行管理队，千岁、三泽、松岛、百里、入间、滨松、静滨、小松、小牧、春日、筑城、新田原、那霸管制队和移动管制队。
航空教育集团所属飞行队有第1航空团飞行群下辖第31和第32飞行队、第4航空团飞行群下辖第11和第21飞行队，第11飞行教育团飞行群下辖第1和第2飞行教育队、第12飞行教育团飞行群下辖第1和第2飞行教育队、第13飞行教育团飞行群下辖第1和第2飞行教育队，飞行教育航空队下辖第23飞行队。航空教育集团直辖部队有航空教育队和教材维修队。
航空开发实验集团所属部队有航空医学实验队。