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介绍了蛋白质定量软件的设计及测试结果,分析结果表明：P-QuantWiz软件在曙光6000的Intel集群部分,测试规模达到2048核,在256核加速比仍在增加。相对P-QuantWiz软件在单CPU运行的结果,PG-QuantWiz软件在单GPU运行的加速比为8.1,在16个GPU上运行的加速比为14.18,并行效率为89%。