我国是环境资源大国。农业废弃物、秸秆等富含纤维素的废弃物也逐渐增多,如何综合利用这些资源,是科研工作者当前研究的热点之一。自然界生物圈中有大量分解纤维素的微生物,其中99%以上是不可培养的,这些微生物含有丰富的基因资源,通过构建宏基因组文库,从中筛选功能基因,为功能基因的开发提供了一条新的途径。本研究采用脉冲场凝胶电泳等技术构建黑山羊瘤胃未培养微生物BAC宏基因组文库,从中筛选到纤维素酶克隆。同时对黑山羊胃肠道不同部位微生物资源群落结构多样性进行了分析,所获结果如下：(1)采用低熔点琼脂糖包埋法提取纯化微生物DNA片段,用Hind Ⅲ不完全酶切DNA片段,获得片段大小约为100-200kb,再用BAC载体构构建微生物宏基因组文库,该文库含有5000个克隆,采用底物驱动的筛选方法,筛选到2个既具有内切葡聚糖酶活性又具有β-葡萄糖苷酶活性的克隆子,分别命名为B112-C12和B112-D12。(2)采用PCR技术先扩增黑山羊胃肠道不同部位微生物(细菌和真菌)基因片段,通过变性梯度凝胶电泳技术分离,从而进行聚类分析,黑山羊结肠和盲肠部位细菌和真菌微生物群落结构多样性相似性很高,分别为84%和74%。对黑山羊胃肠道不同部位微生物多样性指数和均匀度指数进行分析,结肠的细菌多样性指数最高(H’=4.4609),除外胃室-1和胃室-2的均匀度比较低以为,其余样品的均匀度都较高；而对于真菌群落结构多样性分析,胃室-1的真菌多样性指数最高(H’=5.0806),9个样品的均匀度都较高,没有很明显的差异。本研究构建了黑山羊瘤胃未培养微生物宏基因组BAC文库和胃肠道不同部位微生物群落结构多样性进行了分析,为今后进一步研究宏基因组学和微生态提供了参考依据。