一、本次研究利用线粒体16S rRNA和核基因28S rRNA重建牡蛎超科(Ostreoidea Rafinesque，1815)的系统发育及演化关系。结果表明：1)联合使用上述两个基因构建的系统树比单独采用线粒体基因与核基因分别构建的系统树获得更好的分辨率和支持率2)遗传距离分析和系统发育分析结果表明，牡蛎超科为单系起源，牡蛎在科水平的分类为两个科牡蛎科(Ostreidae Rafinesque，1815)和缘曲牡蛎科(Grypheidae Vyalov，1936)。当前的牡蛎分类系统在亚科水平做如下修正更为合理：巨牡蛎亚科（Crassostreinae Torigoe，1981）中的小牡蛎属（Saccostrea Dollfus et Dautzenberg，1920）应独立为新的亚科，我们将其命名为小牡蛎亚科（Saccostreinae）。脊牡蛎亚科（Lopheinae Vyalov，1798）和牡蛎亚科（Ostreinae Rafinesque，1815）亲缘关系很近，应合并为同一个亚科——牡蛎亚科（Ostreinae）。3）在属的水平：牡蛎属（Ostrea）在分析中为多系群；由于猫爪牡蛎（Talonostrea talonata Li et Qi，1994）的存在，巨牡蛎属（Crassostrea Sacco，1897）成为并系群。巨牡蛎属（Crassostrea）不同地域之间的物种存在较大的遗传分歧，主要为亚洲的和美洲的牡蛎两大地理分支。猫爪牡蛎（Talonostrea ta-lonata）在进化树中嵌合于巨牡蛎属（Crassostrea）中，其分类地位需要进一步求证。4）利用分子数据预测牡蛎超科（Ostreoidea）起源与分化，获得的结果为：支持牡蛎超科（Ostreoidea）起源于二叠纪,约272百万年前（Mya）。牡蛎物种生物多样性辐射大约发生于白垩纪100-60百万年前。使用分子数据获得各个属的分化年代，结果与化石记录基本一致。可见，利用分子数据得到的演化年代和化石数据相互补充和验证，可共同应用于演化方面的研究。二、猫爪牡蛎(Talonostrea talonata)线粒体基因组测序及其分类地位研究。采用Long-PCR扩增技术猫爪牡蛎线粒体全基因组序列。1）获得的猫爪牡蛎线粒体全基因组长20484bp。共包括38个基因，其中13编码蛋白基因，2个编码rRNA的基因和23个编码tRNA基因。与其他牡蛎线粒体基因组相比，具有ATP8基因，只有一个编码12SrRNA的基因；2）16SrRNA基因分为两段，重复tRNA基因为编码tRNLeu，tRNAMet，tRNASer的基因；3）结合GenBank已公布的牡蛎序列进行比较研究。研究发现其基因排布顺序与Crassostrea属牡蛎相同。