猪流行性腹泻(Porcine epidemic diarrhea, PED)是导致世界各养猪国家仔猪早期死亡的重要疫病之一，PED的广泛流行和高发病率给世界养猪业带来了极大的危害，现已成为制约我国养猪业的一大瓶颈。因此，研制出安全、高效的PEDV亚单位疫苗已成为近年研究的热点。　　 为了解猪流行性腹泻当前的流行情况为新型疫苗的研制提供充分的理论依据，本研究以于2010年至2011年收集的广东省PED疑似病料为研究对象，采用RT-PCR的方法进行鉴定，分别扩增了鉴定为PEDV阳性病毒的COE基因、M基因、N基因以及部分S基因，并对其克隆测序，成功获得了49株PEDV的各目的片段。为探明当前PED大规模流行的原因及病毒变化的规律，运用DNAStar Lasergene7.1、ClustalX2.0、MAGA4.1等软件对测序结果加以分析，并与国内外公开发表的PEDV毒株进行序列比对与分析。此外，为研制出一种新型的PEDV食品安全级的口服疫苗，本研究采用乳酸乳球菌(Lactococcus Lactis)NICE表达系统来表达PEDV的COE基因。　　 结果显示：1)所测49株COE基因全长为420个核苷酸，编码140个氨基酸；M基因全长681个核苷酸，编码237个氨基酸；N基因全长1326个核苷酸，编码442个氨基酸。经与国内PEDV基因序列比对分析，当前广东省PEDV流行株的COE基因核苷酸序列与推导的氨基酸序列的相似性分别为93.5％至100%与92.1%～100%；M基因核苷酸序列相似性与推导的氨基酸序列相似性分别为96.8%～100%与95.6%与100%；N基因核苷酸序列相似性与推导的氨基酸序列相似性分别为95.3%～100与93.9%～100%。2)与国外有报道的PEDV毒株基因序列对比可知，当前广东地区PEDV流行株的COE基因核苷酸序列与推导氨基酸序列相似性分别为87.9%至99.5%与84.3%至100%；M基因核苷酸序列与推导氨基酸序列相似性分别为96.0%至100%与95.2%至100%；N基因核苷酸序列与推导氨基酸序列相似性分别为94.7%至97.7%与94.1%至98.0%。由此可知，广东地区当前的PEDV流行株与国内早期的分离株相比基因序列具有极高的相似性，与当前所用疫苗株及其他国家的分离株亲缘关系较远。　　 此外，研究结果表明，本研究成功将COE基因克隆入乳酸乳球菌表达系统中，获得了1株重组乳酸乳球菌，NZ9000-COE。