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Spiroindimicins是一类具有抗菌、抗肿瘤活性的双吲哚生物碱,分离自深海来源的链霉菌Streptomycessp.SCSIO03032。Spiroindimicins在结构上含有两个吲哚环和一个吡咯环,与已报道的250多种双吲哚生物碱不同的是,spiroindimicins的双吲哚形成了独特的螺环结构,其中spiroindimicinA为5-6螺环,而spiroindimicinB、C、D为5-5螺环。为了阐明这种螺环结构的形成机制,我们克隆了spiroindimicins的生物合成基因簇,通过体内基因灭活和体外生化实验阐明了部分生物合成基因的功能。
我们构建了深海链霉菌Streptomycessp.SCSIO03032的全基因组文库,获得了spiroindimicins生物合成基因簇。生物信息学分析表明,基因簇中包含3个吲哚咔唑骨架合成相关基因,2个色氨酸卤化相关基因,1个单加氧酶基因,1个转录调控基因和1个转运蛋白基因。将获得的spiroindimicins生物合成基因簇进行异源表达,并通过进一步的生物信息学分析,我们在主基因簇外发现了可能与spiroindimicins生物合成相关的后修饰基因。
本论文运用PCR-targeting技术和接合转移方法,构建了10个spiroindimicins相关生物合成基因缺失的突变株,共从突变株中累计分离鉴定了10个结构类似物。通过分析各个突变株的发酵产物,结合生物信息学功能预测,确定了部分生物合成基因的功能。同时克隆、表达了spiroindimicins生物合成基因簇的5个相关蛋白,并进行了体外酶反应条件摸索。
综上所述,本论文获得了spiroindimicins主体生物合成基因簇,并在基因簇外找到了一系列相关的后修饰基因,为揭示spiroindimicins完整的生物合成途径奠定了基础,为利用组合生物合成技术对spiroindimicins的化学结构进行修饰和改造提供了依据。