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本研究应用SRAP和IT-ISJ标记对苹果属种质资源进行了遗传多样性分析，采用NTSYS软件计算了供试材料的SM遗传相似系数，采用UPGMA法绘制其聚类图，同时比较了SRAP和IT-ISJ的标记效率。
主要研究结论如下:
1.采用SRAP标记分析供试的37份苹果属种质资源的遗传相似系数。研究表明供试材料的遗传相似系数在0.4423～0.9423之间，其中相似系数最大的是东方苹果和道生苹果，为0.9423;最小的是窄叶海棠和湖北海棠，为0.4423。
2.基于SRAP分析获得的相似系数，绘制了其聚类图。以相似系数0.66为标准，将供试37份苹果属种质资源材料分为5组。第1组中有24份材料，包括苹果组塞威士苹果系的6个种类，常见的苹果砧木大部分属于本组。其中相似系数最大的东方苹果和道生苹果，与槟子、楸子关系很近，自成一个小组。第2组中有2份材料，即毛山定子和大鲜果。第3组中有8份材料，它们在世界苹果属植物分类系统中属于山荆子组和花楸苹果组。第4组中只有1份材料，即花楸苹果组的沧江海棠。第5组中有2份材料，包括绿苹果组中的草原海棠和窄叶海棠。
3.分别绘制了基于SRAP和IT-ISJ标记的20份苹果属砧木的聚类图。应用SRAP和IT-ISJ标记对20份苹果属砧木进行了遗传多样性分析，分别得到了相近但不完全相同的聚类图。出现聚类差异的原因可能与有限的引物及标记数量有关。
4.比较了SRAP和IT-ISJ分析的标记效率。在本研究中SRAP的标记指数(MI)值为3.13，IT-ISJ的MI值为1.74，SRAP标记的MI值是IT-ISJ标记的MI值的1.8倍。其中，位点平均信息量(Ibav)值分别为0.50和0.43，相差较小;有效多元比率(EMR)值分别为6.25和4.06，前者是后者的1.5倍，该EMR差异是本研究中SRAP标记MI值高于IT-ISJ标记的主要原因。
本研究为苹果砧木育种过程中，科学选配杂交亲本，提高育种效率提供了理论基础。