随着我国对外开放水平的不断提升，社会各界对海关更好履行进出口贸易管理部门职责的呼声日益高涨，职能管理作为海关业务运行的核心环节也面临着新的挑战。在职能管理中如何规避决策建议、指导执行、组织实施和评估指标设定中的风险成为现代海关制度改革顶层设计中必须加以关注的焦点问题。　　 海关职能相对于国家权力机关和国务院相关部委的决策职能而言，具有明显的执行性质，负责作为执行的组成部分向下作出政策事务的决策。本文从海关的组织架构和业务运作模式出发，详细的阐述了政策目标执行细化的过程职能管理部门的核心作用，并由此引出了在职能管理过程中，可能造成管理目标与实际效果出现偏差的各种因素，归纳为5大职能管理的风险。文中通过分析比较和实证分析等办法，对5大风险形成的原因从外部压力、中国政治文化、海关组织架构和运行机制、人员队伍素质和部门利益等角度进行了深入分析，并进一步提出了从创新管理理念，充分利用社会资源;扬弃传统封建文化，营造新型海关组织文化建设;改革完善组织架构和运行机制;创新人才培养;强化监督和评估等多种对策。尤其是在改革完善、强化监督和评估方面，本文创新性地提出了有效降低职能管理的风险应充分利用现有的信息化成果，对海关组织架构和运行机制进行大胆调整，并提出了改革的初步构想和思路。该结论对现代化条件下公共部门科层组织管理模式的变革具有一定的借鉴意义。