随着社会经济的蓬勃发展,我国越来越多的企业开始重视运营过程中遇到的风险。为了与国际社会接轨,我国的税收法律政策在不断调整更新,国家税务总局也在不断创新税务管理工作方式方法。“营改增”与“两票制”实施后,医药企业所处的宏观经济环境更加复杂,企业自身税务风险频发。税务风险成为了医药企业日常监管的重难点,也成为了税务机关监控的重点之一。本文在企业风险管理理论的基础之上,对成都Q医药公司进行研究分析。首先,识别企业隐藏的税务风险。其次,运用财务报表法、纳税评估指标法、风险清单法等常用的风险分析方法详细研究了Q公司增值税、所得税与公司经营过程中的其他税务事项存在的风险。随后,文章从公司的外部环境与内部管理分别分析了公司税务风险的成因。本文最后制定了Q公司税务风险识别机制、评估机制、控制机制与评价机制,并从这四个方面详细阐述了如何构建公司的税务风险管理体系。在“营改增”与“两票制”的政策背景下,结合Q公司的生产经营现状,完善企业的内部控制环境,制定企业税务风险应对策略。本文的研究能够帮助企业降低税务成本、提高市场竞争力,进而实现公司价值最大化。Q公司作为医药流通与电子商务相结合的“互联网+”企业,研究其税务风险管理具有一定的代表性。