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新型农村合作医疗制度已经在我国进行了五年的试点，是一项旨在改善农村医疗状况、保障广大农民健康的民生工程。作为一种社会医疗保障制度，新型农村合作医疗应该充分利用各种卫生资源，实现自己的预期目标。
本文主要使用数据包络分析(DEA)方法，以广东省为例进行实证分析，从相对效率的角度分析新型农村合作医疗制度的运行经济效率。论文在使用聚类分析法将广东省20个地级市根据其经济水平和结构分成4种类型，以及根据数据特点和选取原则确定模型的投入产出变量之后，利用C2R模型和C2GS2模型测算和分析了2006年、2007年两年该省各地级市的“自我评价”的技术效率、纯技术效率和规模效率，并使用对抗型交叉评价模型评估了各地级市的交叉评价效率。文章根据模型结果，结合各地试点的制度特点，比较4个类别地区的各效率指标，分析不同地区的效率特征和造成非效率的因素，提出政策建议。