红三叶草坏死花叶病毒外壳蛋白的表达、纯化及生物信息学分析

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红三叶草坏死花叶病毒(Red clover necrotic mosaic virus,RCNMV),隶属于番茄丛矮病毒科(Tombusviridae),香石竹环斑病毒属(Dianthovirus),是一种感染植物的圆球状RNA病毒。研究发现RCNMV外壳蛋白(RCNMV CP)在癌症治疗方面具有潜在的应用价值。RCNMV CP在不同pH和阳离子条件影响下可以进行结构的逆转。在缓冲体系pH=8.0时加入EDTA,RCNMV CP表面出现孔隙,该孔隙可以使得小分子物质进入外壳蛋白内部;当加入Ca2+时,孔隙关闭,小分子物质包裹在外壳蛋白内部。本研究对从NCBI上获取的RCNMV cp进行修饰并人工合成目的基因序列,构建原核表达载体pET21a-HMT-cp和pMAL-c4x-cp,在体外表达并纯化RCNMV CP,通过生物信息学对CP的基本结构和可能存在的修饰位点进行分析,为后续对CP进行修饰和改造以及构建生物靶向载体奠定基础。研究内容及结果如下:(1)根据NCBI上RCNMV cp(Accession number:NC003756)的基因序列和大肠杆菌密码子偏爱性,人工合成适合在大肠杆菌中表达的RCNMV cp的基因序列,并参照此序列设计引物,在5¢端加上酶切位点和保护碱基。成功合成含有目的片段的质粒载体pMD-18T-cp,利用primer5.0设计获得引物序列,提取合成的质粒载体,通过质粒PCR克隆获得RCNMV cp目的片段。(2)构建重组质粒表达载体pET21a-HMT-cp和pMAL-c4x-cp,将构建成功的重组质粒转化到大肠杆菌BL21(DE3)pLysS和Rosetta(DE3)中,在IPTG诱导下进行表达,优化表达条件,获得大量的融合蛋白。结果表明BL21(DE3)pLysS中表达的RCNMV CP融合蛋白大多数以可溶性形式存在,而在Rosetta(DE3)中表达的融合蛋白大多数以包涵体形式存在。(3)利用Ni-NTA和Amylose两轮亲和层析柱对BL21(DE3)pLysS表达的融合蛋白进行分离纯化,成功获得纯化的融合蛋白,利用TEV蛋白酶在不同时间段进行酶切分析,酶切结果显示,酶切4h可以成功获得目的蛋白。(4)通过生物信息学对目的基因序列和氨基酸序列进行分析,结果表明该序列中不存在信号肽序列和稀有密码子;其二级结构以无规则卷曲为主;跨膜结构主要从胞内分泌到胞外;三级结构由3个不同的亚基组成,每个亚基主要由α螺旋和β折叠组成。
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