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目的：我国是出生缺陷大国，近几年实际出生缺陷发生率高至4-6％，环境因素、遗传因素、环境和遗传综合因素所致的基因组结构变异(Structural variation，SV)是造成出生缺陷的重要原因。本研究利用单核苷酸多态性微阵列技术(singlenucleotide polymorphism array, SNP array)平台，研究胎儿基因拷贝数变异（copynumber variations，CNVs）类型、分布及临床相关性，探索复杂病例致病机制，建立CNVs产前诊断实践流程，提供临床咨询理论依据。 方法：知情同意下，收集364例参加产前诊断孕妇的临床资料备用。B超下采集羊水168例，脐带196例标本送检，同步进行染色体培养及SNP array技术检测。SNP芯片包括30万个SNP探针，平均间隔为31kb，CNVs结果根据隐马可夫模型(Hidden Markov Model，HMM)推算。疑难CNVS变异病例需要荧光定量PCR等技术验证，父母溯源性CNVs检测验证，综合分析后提供临床咨询依据。根据孟德尔遗传定律和实验结果探索2个复杂病例的发病机制。总结研究结果，建立SNP array临床产前诊断实践流程。 结果：1、CNVs分布和类型:364例孕妇胎儿SNP芯片检测结果发现了266个大于100kb的CNVs，其中25个为致病性，191个为正常多态性，50个为意义不明确(variants of unknown significance，VOUS)的CNVs。重复型CNV为168个，缺失型为82个，杂合性缺失（Loss of heterozygosity，LOH）为16个。2、SNP芯片检测结果:364例标本中，检出异常25例，包括非整倍体3例，嵌合1例，致病性缺失19例，致病性重复2例。具体为18三体，21三体，22q11微缺失综合征、3q24缺失综合征、16q22缺失综合征、1q21缺失或重复综合征、Angelman综合征等，异常检出率为6.8％;在染色体核型正常病例中SNP芯片致病性CNVs检出率为5.2％;超声检查异常案例中SNP芯片异常检出率可以高达8.7％。3、根据孟德尔遗传定律，结合染色体核型结果，揭示1例复杂嵌合体发病机制及1例结果不一致的病例的发病机制。4、根据研究和实践，建立临床检测流程。 结论： CNVs与出生缺陷相关，SNP array技术是检测CNVs的较好平台，比染色体核型检测平台异常检出率提高5.2％。SNP array技术结合传统核型分析，可以发现新的发病机制，丰富临床咨询理论。课题建立的SNP实践检测流程能推广临床应用。