随着国家对科技创新重视程度的提高,科研经费的管理控制受到了各方面的广泛关注,国家在加大对科研经费投入的同时,也加大了对经费管理的监管力度。尤其是在国防科技工业领域,竞争愈演愈烈,承研单位面临着机遇与挑战,合理正确地使用科研经费,可避免与政策层面冲突,提高对科研经费使用的掌控能力,既能集中体现出国家对科研项目投入取得的事业成效,又能增强承研单位的核心竞争力,支撑战略目标的实现。基于这种认识问题的立场和观点,本文对HS研究院科研项目经费控制体系展开研究。基于对委托代理、项目全生命周期、内部管理控制及战略成本管理等相关理论的综述,借鉴国内外科研经费管理经验。通过对HS研究院科研项目经费来源复杂、经费管理制度多等特点分析,对经费管理控制流程及现状进行梳理,对经费分配及支出结构不合理等存在问题进行分析,建立了一个以提高科研项目经费使用效率及效果为目标,以全面、效益、项目管理及经费归口管理优先为原则的科研项目经费控制体系。同时对现行科研经费控制流程进行优化,建立科研项目生命周期模型,对科研项目全生命周期成本费用进行分解,通过对科研项目生命周期各阶段工作内容进行分析,找出各阶段重点控制内容。提出了包括会计核算制度、业务流转环节等在内的制度建设方案、搭建科研项目经费控制相关信息平台的设想以及相应的监督评价与考核机制等保障措施。建立了包括科研项目论证阶段在内的科研项目生命周期模型,对各阶段工作内容进行分析,找出各阶段经费控制重点。对科研经费管理控制流程进行梳理优化,通过对经费管理的监督评价,牵动经费分配,有效解决经费分配不均问题。以风险控制点出发提出建立经费管理业务流转环节的制度建设方案,保证科研经费的使用效率及效果。