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突托蜡梅是江西特有的兼性克隆植物,现已被列为国家重点保护植物。本文从7个天然居群采集突托蜡梅样本,确定了从突托蜡梅叶片中制备模板DNA的最佳方法,优化了PCR循环参数,建立了ISSR-PCR扩增的最佳反应体系,筛选出扩增多态性片断较多且扩增产物稳定的引物,通过10条ISSR引物对213个突托蜡梅个体的基因组DNA进行扩增,对突托蜡梅居群的遗传结构和克隆多样性进行了研究。研究结果表明,与CTAB法、SDS法、高盐低pH值法、SDS-CTAB法、SDS-蛋白酶K法相比,改良的CTAB法提取的DNA OD260/OD280值最好,浓度最高,是提取突托蜡梅基因组DNA的有效方法。ISSR扩增条件为:20μL PCR反应体系中,1×PCR缓冲液,2.0 U Taq DNA聚合酶,1.5 mmol/L MgCl2,0.6μmol/L引物,0.15 mmol/L dNTPs ,50 ng模板DNA。最佳扩增反应程序:94°C预变性5 min,94°C变性30 s,50.8°C 58.3°C退火45 s,72°C延伸2 min,40个循环;最后在72°C延伸5 min。共对100条ISSR引物进行了筛选,分别筛选出扩增条带较多、信号强、背景清晰的10条ISSR引物用于7个居群DNA样本扩增,共扩增出74个位点,其中39个多态位点,多态性位点百分比为52.7%。根据不同个体的扩增图构建了0、1矩阵（其中模糊带和弱带忽略不计）输入计算机。对ISSR数据处理结果如下:物种水平上,多态位点百分比P为52.7 %,Nei’s基因多样性指数H为0.1572,Shannon信息指数I为0.2408,平均克隆尺度Nc为1.1390,基因型比率PD为0.8780,Simple多样性指数D为0.998;居群水平上,多态位点百分比P为21.62%～41.89%,Nei’s基因多样性指数H为0.0958～0.1538,Shannon信息指数I为0.0946～0.2220,平均克隆尺度Nc为1.0000～1.2310,基因型比率PD为0.8620～1.0000,Simple多样性指数D为0.9840～1.0000,均匀度指数E为0.0000～0.7840,居群间的分化系数（Gst）为0.2489,AMOVA分析表明,26.37%的遗传变异存在于居群间,表明居群间有一定的遗传分化。Mantel检测表明地理距离和Nei’s遗传距离间相关性显著（r=0.712,p<0.001）。由UPGMA聚类分析得知安远的4个居群聚为一支,会昌的3个居群聚为一支。突托蜡梅表现出较低的遗传多样性和较高的遗传分化系数,这主要与该物种的繁育方式,基因流,遗传漂变等因素有关,高的克隆多样性表明突托蜡梅是以有性繁殖为主。遗传变异和克隆多样性的研究将为分析突托蜡梅致濒危原因及进化潜力提供重要资料,对该物种保护具有指导意义。