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目的:通过对新疆某县新农合运行状况的分析,对该县新农合基金风险进行识别、建立新农合基金风险管理指标体系、构建基金风险预警模型及基金风险预警体系。方法:收集新疆某县2009～2015年新农合报表及统计年鉴相关数据,结合关键知情人访谈分析该县新农合制度运行状况及存在问题;通过三轮德尔菲专家咨询建立新农合基金风险管理指标体系,基于该县新农合历年数据利用MIV算法筛选变量并建立灰色GM（1,n）预测模型。结果:（1）新疆某县新农合覆盖面不断扩大,2015年参合率达1000%;筹资标准由2009年的120元/人.年提高到2015年的520元/人·年;2015年门诊和住院补偿人次分别为104563人次和7523人次,实际补偿比分别为76.12%和51.78%;累计基金结余支付能力由2009年的0.53年减少到2015年的-0.04年。（2）德尔菲专家咨询共咨询专家19人,专家的权威程度为0.8,专家对指标重要性、风险发生可能性和风险危害程度三个维度意见的协调系数均为0.3,经一致性检验(x指标重要程度2=27.65;x风险发生可能性2=26.33;x风险危害程度2=26.54,p<0.05)有意义。建立起包括环境风险、制度风险、基金筹集风险、基金支付风险和管理风险5个一级指标和30个二级指标的新农合基金风险管理指标体系。对指标均值进行综合排序,排名前三位的一级指标是基金支付风险、制度风险和管理风险,二级指标为县外住院比例、县外住院补偿金额占住院补偿总额比例和次均住院费用。（3）利用MIV算法筛选出地区慢性病患病率、目录内药品报销比例、参合人员住院率和次均住院费用4个变量并建立起关于新农合基金结余支付能力的灰色GM（1,n）预测模型,模型精度为92.44%。结论:新疆某县新农合基金风险主要来自基金筹集和支付环节;德尔菲专家咨询结果可靠,建立的新农合基金风险管理指标体系完善.且符合实际;通过筛选关键变量建立的新农合基金风险预警模型合格能用来预测。