甜瓜的杂种优势显著，生产上几乎全部使用甜瓜一代的杂交种。利用甜瓜雌雄异花同株进行杂交种生产，不但会省去杂交授粉中人工去雄的繁杂程序，降低成本，还可以提高杂交一代种子的纯度，因此是杂交育种的有效途径。 本文以天津科润农业科技股份有限公司蔬菜研究所培育的厚皮甜瓜雌雄异花同株自交系Fh232-2与雄花、两性花同株自交系Fh158-2杂交组合的F2代群体为材料，采用AFLP和ISSR方法筛选与控制甜瓜花性型基因“A”连锁紧密的分子标记，得到结果如下： 1． 通过对甜瓜雌雄异花同株自交系与雄花、两性花同株自交系组合后代F1、F2的花性型统计分析得到，甜瓜雌雄异花同株类型是由一对显性基因控制的质量性状，花性型分离符合孟德尔遗传比例，与以往的研究结果相一致； 2． 在培育雄花、两性花同株的近等基因系过程中，对不同后代的花性型表现调查结果显示，Mm（受体亲本） × Mr（供体亲本）组合的F2与BC6S1(S表示回交后的自交) 分离结果全部符合单显性基因控制的3∶1 分离比例；BC1、BC4、BC5、BC6符合1∶1分离比例。获得的BC6S4代近等基因系AMm6与轮回亲本间，在果实性状、发育期等等方面均没有显著差异； 3．用448对AFLP引物检测轮回亲本和近等基因系之间多态性，有417对引物没有多态性，31对有多态性，统计得其遗传相似系数为99.73％； 4． 在近等基因系中检测到的31对多态性引物，只有引物对P36M84与基因“A”连锁，连锁距离为12.7cM； 5． 以F2群体为对象构建基因池，用BAS法进行基因“A”的AFLP分子标记筛选，也得到了31对多态性引物，但是这些多态性引物均不与基因“A”连锁；用100对ISSR引物在基因池间有36对能得到比较好的扩增，但是没有多态性。