本试验提取鸡新城疫病毒(NDV)内蒙古地区4株分离株(NM1、NM2、NM3和NM4) RNA,参考GenBank中已发表的NDV F基因序列,设计出用于扩增F基因的引物,应用RT-PCR技术特异性地扩增4株内蒙古地区分离株的F基因。将纯化的目的DNA与PMD19-T载体连接,转化感受态细胞,提取质粒,分别用PCR法、酶切法进行质粒鉴定,将鉴定为含有阳性质粒的菌液送宝生物工程(大连)有限公司测定基因序列。利用DNAStar 6.0软件绘制系统发育进化树,确定基因型,并与参考毒株的核苷酸及相应氨基酸序列进行比较。结果表明,成功地扩增出了4株NDV分离株F基因1662bp的核苷酸片段。4分离株间核苷酸同源率在93.6%～98.0%之间,与国内标准强毒株F48E9的核苷酸序列同源率为85.8%～86.8%;和LaSota的核苷酸同源率为83.0%～83.6%;与Ⅶ型代表毒株Taiwan95的同源率在93.8%～94.3%;推导的氨基酸序列分析显示,4分离株间氨基酸同源率在95.1%～98.5%之间;并且4分离株F蛋白的裂解位点氨基酸组成为112R-R-Q-K-R-F117,具有典型的强毒株裂解位点的特点;从进化树上看,NM2、NM3与Guangxi/2002、JS-7-01-GO、SF02、YN-PA01同属于一个进化分支,氨基酸同源率为99.7%;NM1、NM4和TW-01-05同属于一个进化分支,氨基酸同源率为98.1%;同时这9株毒株又与Taiwan95处于一个大的进化分支上。并且具有典型的新城疫病毒基因Ⅶ型的K101和V121结构特征。这4分离株都属于Ⅶ型。