北京市农业正处在非常重要的历史性转型期，正在由城郊型农业向都市型现代农业转变。山区农业功能由单一型向多功能型转变、居民消费方式转变及政府财力的支持，导致北京市生态补偿政策历经孕育、探讨试点到全面推广阶段。从十九世纪90年代起，北京市逐步制定生态补偿政策，通过财政转移支付制定了生态公益林补助政策，设立了环境整治与保护补助的专项资金，制定了开征水资源费、排污收费等政策，推行资源的有偿使用，并加大了资金、政策向郊区倾斜力度，使得生态补偿政策在北京地区得到很好的发展与完善。但随着补偿实践的深入，其中法律法规、投融资渠道、补偿方式、补偿主体等方面的缺陷也日益突出。 本文在分析北京市生态补偿政策及现状的基础上将北京市生态补偿问题分为以下三类：区域补偿类、流域生态补偿类和生态要素补偿类。对于区域补偿类可以建立分区指导政策并完善国家投入力度；对于流域生态补偿类则可以通过流域异地开发、市场补偿和项目补偿等方式加以补偿：对于生态要素补偿类应该制定合理的补偿标准、建立完善的补偿网络和完善资金筹集渠道。