海洋中微型真核浮游生物是构成海洋微型食物链和生物量的重要组成部分，在海洋生态系统中占有十分重要的地位。本研究以分子生物学技术为研究方法，对南海代表性海域微型真核浮游生物遗传多样性分布情况进行了分析与评估，利用多学科技术创建了数据平台，对微型真核浮游生物的环境影响因素进行了讨论。　　 本研究在之前获得大量序列的工作基础上，为了准确定位这些在南海各不同海域发现的Alveolates，Stramenoplies，Radiolaria，Centroheliozoa，Telonemia和Katablepharidophyta中的未培养环境序列，分析它们在南海海域的遗传多样性分布规律，探讨它们与和环境的关系；运用了两种算法NJ和Bayers分析它们的系统进化关系确定它们所属的亚类群。还发现了大量南海特有的放射虫类群的环境克隆，结合真核分类国际最新进展对这些新类群进行了重命名为：RADⅥ，RADⅦ。放射虫环境类群的发现对研究原生动物的起源进化有很大帮助。在该类群发现的基础上，分析了它们与南海大陆架结构、海流以及沉积化石的关系、讨论了放射虫现代生态学研究与古海洋学和石油形成构造理论的关系。　　 本研究运用地理信息系统软件平台对南海先后构建各海域文库的群落分子生态学性结构和地理分布进行统计计算，创建了方便数据录入、调取和图像化的数据平台。将实验室前后研究的数据成果和南海地理环境数据做了整合和分析。在中国南海海域这里真核生物类群的分布规律是：0.5米表层水由纤毛类和鞭毛类以及自养的stramenopiles占据，100米深被Alveolata GroupⅠ/Ⅱ和Radiolaria占据。分不同水层讨论了这些未知类群分布与南海海洋环境的关系：Alveolata GroupⅠ和Alveolata GroupⅡ都应该是海水特有的物种而Alveolata GroupⅡ对咸水环境的要求更严格。Telonemia和Katablepharidophyta都分布在南海的浅海海域，Telonemia所适应的纬度明显比Centrohelids要高。　　 这些结果为认识海洋中微型生物群落的分布提供了新的线索；同时也为我国近海生物资源的开发和生物多样性的保护提供科学依据。