目前我国的基础设施还不完善,在今后很长的一段时间内,我国都将会继续加大政府投资力度。政府投资作为政府运用财政资金的有力政策工具,政府通过政府投资提供公共产品和公共服务,完善基础设施,近年来,随着政府信息公开力度的加大,公众参政议政意识的增强,人民群众更加关注政府投资项目的经济性、效率性和效果性。然而,我国政府投资绩效审计现状与《审计署2008至2012年审计工作发展规划》中提出的全面推进绩效审计相比还有很大距离。作为推进法治、维护民生、推动改革、促进发展的有效手段,对政府投资项目开展绩效审计,既可以有力地促进相关部门加强资金管理,提高项目投资效益,注重项目社会效益,又可以促进绩效审计本身发展水平。本文首先介绍了政府投资绩效审计的概念,对我国政府投资绩效审计的现状进行剖析；阐述了平衡计分卡和层次分析法的基本概念,并对应用平衡计分卡思想建立政府投资项目绩效评价指标体系和利用层次分析法对绩效评价指标进行评价的可行性进行分析。其次,透过昆明市政府投资现状,指出当前存在的问题,并利用平衡计分卡思想,从公众服务、内部流程、财务、可持续四个维度出发,设计出一套多指标、多层次的绩效评价体系。最后,应用昆明市2013年三个行业政府重点投资项目投资实际,进行实证分析,将层次分析法应用到政府投资项目绩效评价中,通过数学运算得出各指标的权重,指出政府投资项目应该关注的问题,并提出改善和提高政府投资绩效水平及公共服务能力的对策建议。