喜马拉雅旱獭和藏羚羊是栖息在我国青藏高原的重要的野生动物。青藏高原海拔约3250m-5000m,多为高山和荒漠草原地,氧气的分压较低,紫外线强,所以人和普通的动物会因为急性的危及生命的高原反应而难以在该地区生存。本课题采用了转录组测序技术,初步开展了两种野生动物所携带的RNA病毒的相关研究。本研究从喜马拉雅旱獭体内发现了一种新亚型的蜱传脑炎病毒,我们将其命名为喜马拉雅型。我们从200份的旱獭气管中一共发现两株喜马拉雅型蜱传脑炎病毒并获得其全基因组的序列。使用E蛋白和多聚蛋白的核苷酸序列来进行系统发育分析,在系统发育树上,喜马拉雅型的两株病毒不与欧洲型、西伯利亚型和远东型蜱传脑炎病毒株聚集在一起,而是单独形成了一支。E蛋白和多聚蛋白的氨基酸序列比对分析同样支持喜马拉雅型作为蜱传脑炎病毒的一个新的亚型。喜马拉雅型蜱传脑炎病毒与其他三个亚型蜱传脑炎病毒的E蛋白氨基酸水平的相似性为92.7%-95.0%,多聚蛋白的氨基酸水平的相似性为为92.6%-94.2%。将喜马拉雅型蜱传脑炎病毒的多聚蛋白与112株其他型别的蜱传脑炎病毒毒株进行比对,发现喜马拉雅型蜱传脑炎病毒具有69个特异的氨基酸替换位点。值得注意的是,E蛋白的第206位氨基酸是鉴别不同型别蜱传脑炎病毒的重要参考依据,但是在此位点上喜马拉雅型蜱传脑炎病毒与欧洲型蜱传脑炎病毒一致,都为缬氨酸（Val）,和远东型、西伯利亚型蜱传脑炎病毒不同。使用BEAST软件包进行进化分析表明,约2469年以前,喜马拉雅型蜱传脑炎病毒从东部蜱传脑炎病毒群（远东型和西伯利亚型）中分化出来。我们对两株喜马拉雅型蜱传脑炎病毒的基因组进行了密码子偏好性相关分析,发现其整个开放阅读框的ENC值为55.35,说明该病毒的基因密码子偏好性比较低。ENC绘图分析和中性绘图分析均表明自然选择对该病毒基因的密码子偏好性具有更大的影响。根据RSCU值确定有19个最优密码子,其密码子使用模式与人类的密码子使用模式最为相近。喜马拉雅型蜱传脑炎病毒对人类威胁的可能性需要评估。我们还从青藏高原藏羚羊的粪便中发现了一种新的凸隆病毒,将其暂时命名为羚羊凸隆病毒（Antelope torovirus,AToV）。经检测,505份粪便样品中有3份AToV病毒阳性。Real time RT-PCR发现,这3份样品凸隆病毒的载量分别为2.10×109/g,9.30×109/g和1.76×1010/g。结合转录组测序的数据,以及RACE和RT-PCR的结果,我们获得了 3株AToV的全基因组序列。根据国际病毒分类委员会凸隆病毒新种的认定标准,系统发育分析和氨基酸序列比对分析结果表明,AToV是一种新的凸隆病毒。全基因组分析表明,AToV与其它ToVs的基因组结构相似,全长为28,438 nt,具有5’-UTR和3’-UTR以及6个开放阅读框（open reading frames,ORFs）,分别为 ORF1a,ORF1b,S ORF,M ORF,HE ORF 和N ORF。其中ORF1a和ORF1b编码病毒的非结构蛋白pp1a和pp1b,该非结构蛋白包含许多与病毒复制相关的蛋白酶结构域;SORF,MORF,HE ORF和N ORF编码病毒的结构蛋白,这些结构蛋白分别镶嵌在病毒囊膜表面以及构成病毒的核衣壳。在ORF1a和ORF1b的交汇处,同样找到了凸隆病毒属成员共有的核糖体移码元件slippery sequence和RNA pseudoknot。在透射电镜下,观察到的病毒颗粒呈球形,直径约为100nm,有囊膜且有刺突蛋白,该病毒颗粒具有凸隆病毒颗粒的典型特征。基于凸隆病毒的M基因的全长序列,推测出凸隆病毒的最早共同祖先大约出现在333年前。特别值得注意的是,BToV B150/B155病毒株的HE基因是由3种凸隆病毒的HE基因重组而成的,涉及BToV,PToV和一种未知的ToV。而该种未知的ToV经证实为本研究发现的AToV。