农业补贴是政府解决“三农”问题,发展农业现代化与保证国家战略安全的重要政策。现有的补贴机制多忽略农业发展面临的天然风险与客观约束等生产实际,进行无差异补贴。然而,在实践中,不同农户的生产环境有所差异,农作物的产出风险高低有所不同,农民的风险偏好各异,不同地区的土地流转制度使得农户产能上限高低不一,单一、无差别的补贴模式并不能有效发挥财政补贴的激励效应,推动农业的产业化发展。本文在传统“公司+农户”型订单农业供应链的基础上,将政府的补贴行为纳入决策体系,构建了由政府、单一风险中性涉农公司与多个风险规避型农户组成的三级供应链系统。在充分考虑农产品产出不确定性、农户面临的产能约束与风险偏好选择以及政府补贴资金是否存在约束等因素下,对政府面向农户的补贴模式与面向公司的补贴模式进行对比,探讨了政府在不同农业生产环境下的最优补贴模式与补贴系数决策问题,并以木薯乙醇为案例,对构建的模型进行验证分析。研究发现,政府的补贴行为可以有效的激励不同风险偏好的农户在未发生产能约束的情况下扩大投产量,提高农产品的社会供给;当政府的财政补贴资金充裕,未发生约束的情况下,根据农户可投产能区间的不同,面向农户的补贴与面向公司的补贴两种模式下的农户决策水平与供应链绩效存在差异,但总体而言,对公司进行补贴是政府更优的模式选择;当农户为风险规避且政府的补贴资金存在约束时,政府直接面向农户的补贴模式可以更好的激励农户投产,提高补贴效率;此时,农户的产能与政府资金的约束将同时影响不同补贴模式下的农户投产水平与供应链绩效,进而影响政府的最优补贴模式与补贴系数选择。从提高农产品社会供给与社会福利水平最大化角度出发,在较低的补贴资金约束下,面向农户的补贴模式将是政府的更优选择,而补贴资金超出一定水平,面向公司的补贴模式可以更好的提高农户投产决策与供应链整体绩效。同时也发现,若农户的可投产能很少时,不需要政府的补贴,农户已发生产能约束,产能约束成为农业发展的瓶颈,农户适当规模经营将有利于推动产业发展、发挥财政补贴效应。