高校是国家实施“科教兴国”的庞大生力军，是开展科学研究和技术创新的重要基地。近年来，随着高教事业的蓬勃发展，科技体制改革的不断深化，高校由原来单一的人才培养功能，逐步向科学研究和服务社会等多项功能转变，科研实力不断增强，科研活动日益增多，承担的科研项目规模越来越大，筹措的科研经费呈现大幅度增长，不仅增加了高校收入，也提高了高校教学质量、科技水平，提升了高校综合实力和竞争力。　　 高校科研经费管理成为高校管理的一项主要内容，科研项目经费管理的水平和程度直接制约着科研管理水平，贯穿项目管理的全过程，是项目管理的关键,做好科研经费管理工作是科研工作正常进行并取得预期效果的有力保障。但受科研体制等影响，高校科研经费管理和使用过程中仍然存在一些不容忽视的问题，如科研经费管理不够规范、经费配置不合理、滥用情况严重、科研项目成本难以核算、科研经费使用效益不高等。因此，正确认识和加强科研经费管理工作，认真分析科研经费管理工作中出现的新情况、新问题，尤其在当前，如何对高校科研经费进行科学有效的管理，确保科研经费安全、合理、高效使用，已经成为高校面临的一个刻不容缓的课题，高校管理者面临的一个新挑战。　　 本文旨在通过以滁州学院这所新建本科院校为例，调查研究其科研经费管理模式及运作流程的现状，分析归纳同类新建本科院校科研经费管理现在面临的问题，并深入分析其产生的原因，通过借鉴国外成熟的科研经费管理理念，结合新建本科院校特点，加强科研经费管理，提高新建本科院校科研经费使用效率，使得用最少的科研成本完成科研项目，保证新形势下新建本科院校科研工作的顺利进行，使其产生更好的社会、经济效益。一加强科研经费管理体制建设；二完善科研经费预算管理；三建立合理、有效的课题成本核算机制；四建立监督机制，提高科研经费使用效益；五加强项目结题结账管理；六构建激励引导机制。