根结线虫是辣(甜)椒的主要病害之一，其危害日趋严重。培育抗性品种是防治根结线虫最有效的方法，常规育种周期长、消耗大，利用分子标记辅助育种则会大大提高育种速度。EST-SSR作为一种新型分子标记，来自表达基因，除具备传统基因组来源的SSR标记所有优势外，还可能与基因功能具有直接或间接关系，从而强化了SSR标记在遗传研究中的应用。　　 本研究以辣椒EST数据为基础，通过分析辣椒EST-SSR位点信息，建立了部分辣椒EST-SSR标记，并开发与辣椒抗根结线虫显性单基因Me1紧密连锁的分子标记，为Me1基因的标记辅助选择奠定基础。主要研究结果如下：　　 1.利用SSRIT软件(http://www.gramene.org/gremene/searches/ ssrtool)从NCBl(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST)数据库中19173条辣椒EST序列中筛选到612个SSR，检出率为3.19％。共观察到51种重复基元，其中三核苷酸基序是主导类型，占总SSR的60.46％:AG/GA/CT/TC,AAG/AGA/GAA/CTT/TTC/TCT,TAAT,ATATA和CTGCTC分别是二、三、四、五和六核苷酸基序的优势重复基序，在所有SSR中的出现频率各自为13.40％、16.18％、1.80％、3.27％及2.12％。辣椒EST-SSR以5-10次重复为主，基序长度集中在15-20bp范围内。　　 2.利用筛选出含SSR的576条EST序列，设计了357对引物，在合适的PCR条件下，利用非变性聚丙烯酰胺凝胶银染检测这些引物在6个辣(甜)椒品种中的扩增情况和多态性。其中有337对引物显示出清晰条带，引物有效扩增率为94.40％;75对引物表现多态性，占有效扩增引物的21.01％。　　 3.用含抗根结线虫病基因Me1的PM217与典型感线虫品种茄门，及其F1、F2代为试材，采用南方根结线虫(Meloidogyne spp.)人工接种鉴定，每株接种2000卵，两个月后进行抗病性鉴定，根据鉴定结果，利用分离群体分组分析法(bulked segregantanalysis，BSA)建立抗感池，共筛选到4对(118、141、142及211)多态性EST-SSR引物在抗感池间存在差异，分别将该4个标记位点暂命名为118、141、142及211。　　 4.利用Joinmap3.0软件，结合抗病性鉴定，对271个单株的F2群体进行SSR分析，研究4个EST-SSR标记位点与根结线虫抗性基因Mel的连锁关系，结果表明，EST-SSR标记141、118及211与Mel连锁程度较高，遗传距离分别为6.984cM、18.684 cM和29.310cM。