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白檀(Symplocos paniculata (Thunb.)Miq.)作为一种含油量较高的油料树种,具有自然分布广、抗逆性强、生态经济栽培潜力大等特点。其果实油富含不饱和脂肪酸,既是高品质食用油,又可以作为工业原料油,更被认为是制取生物柴油的理想原料。本研究采用形态学标记和ISSR标记相结合的方法分析湖南地区不同自然居群白檀遗传多样性,探讨不同居群间的遗传差异,为优良种质资源选择及开发利用提供依据。研究的主要结果如下：(1)自然居群白檀在形态学上具有丰富的多样性。对6个不同居群的68株白檀进行树形、叶形和果实形态3大类形态指标差异分析发现,不同居群白檀个体间存在显著差异,其中,冠幅变异水平最大,变异系数(CV)为87.36%,果实纵径变异水平最低,变异系数(CV)为19.24%；不同自然居群白檀树形存在显著的分化,即存在遗传异质性；除不同居群间单穗果粒数没有明显差异外,叶形和果实形态性状在各居群之间具有显著性差异,这种差异性的产生可能与其立地环境有关。(2)依据形态性状变异系数与多样性指数,68株不同居群白檀聚分为3大类。通过主成分分析,11个形态指标化分为3个主成分,第一主成分为树形因子,其形态多样性达40.38%；第二主成分为叶因子,变异20.99%；第三主成分为果叶因子,代表了14.75%的变异,3个主成分变异累计贡献率达76.12%(>72%),基本涵盖了11个形态性状的信息,该分析结果进一步说明,在白檀居群的形态分化中,主要差异来源于树形因子。不同居群间白檀的平均多样性指数(H)为1.487,通过系统聚类分析,68株白檀样分为3大类,依据树高6个居群可分为灌木群-小乔木群-乔木群,该结果为白檀种质资源的选择及定向培育提供依据。(3)应用单因素和正交设计试验建立了白檀ISSR-PCR反应体系。最优反应体系为：总体积20μL,DNA模板80ng(1.6μL), Mg2+3mmol/L(2.4μL), dNTPs0.2mmol/L(1.6μL),引物0.5umol/L(1μL),Taq DNA聚合酶1.25U(0.5μL),10×PCR Buffer (Mg2+free)2μL,灭菌的ddH2O10.9μL。反应程序为：94℃预变性4min；94℃变性30s,X℃退火45s,72℃延伸90s,30个循环；72℃延伸7min,4℃下保存。为白檀及相近种类植物DNA遗传多样性分析提供参考。(4)应用筛选获得的5条多态性较高的ISSR引物对6个不同居群的68份白檀样品进行DNA多样性分析,通过PCR扩增检测到74个扩增位点,大小分布在200-2500bp之间,其中多态位点73个,多态性比率高达98.65%,表明来源不同居群白檀具有较高的DNA遗传多样性。(5)利用Popgene32和NTsys2.10e软件对ISSR-PCR扩增结果分别进行多态性分析,结果表明：基因多样性指数(H)为0.3271,Shannon多样性指数(I)为0.4873,说明在物种水平上白檀具有较高的遗传多样性。总的居群基因多样性(Ht)为0.3271,居群内的基因多样性为0.1811,居群之间的基因分化系数(Gst)为0.4462,居群内变异占55.37%,居群间变异占44.63%,说明白檀遗传变异在居群内和居群间同时存在,但居群内变异稍大于居群间。居群间基因流(Nm)为0.6205,说明种群间基因流动较贫乏。UPGMA聚类分析将6个不同居群分为3大类,与形态指标的聚类结果差异不大,基本遵循地理种源近的天然居群容易聚为一类。