牛BBOX1基因选择性多聚腺苷酸化变异体的克隆及3′UTR多态性分析

来源 :聊城大学 | 被引量 : 2次 | 上传用户:lsdkj
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牛BBOX1基因定位在牛的15号染色体上,牛15号染色上存在与肉质和胴体性状相关的QTL。通过3’RACE的方法克隆了牛BBOX1基因的选择性多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)的变异体;采用RT-PCR的方法分析了BBOX1基因在牛不同组织中的表达谱;利用PCR-SSCP、PCR-RFLP和测序的方法检测了BBOX1基因3UTR在研究群体中的多态性,并分析了检测到的基因多态性与牛肉质和胴体性状的相关性。  本研究主要内容包括:⑴发现了牛BBOX1基因的三个不同的APA变异体,它们的3UTR长度分别为229bp,664bp和678bp,它们的GenBank登录号分别为:KX431577,KX431578和KX431579。⑵用半定量RT-PCR的方法分析了牛BBOX1基因在不同组织中的表达情况,结果显示BBOX1基因在所选择的组织中都是表达的,其中瘤胃、肝脏和肾脏中的相对表达量较高。⑶在草原红牛群体中,采用PCR-SSCP和测序的方法对BBOX1基因3UTR进了多态性检测。共检测到4个多态性座位,其中3个为单核苷酸多态性,1个为插入或缺失突变。而且SNP c.650T>C定位在远端poly(A)加尾信号中,使加尾信号序列“AAUAAA”突变成“AACAAA”。在草原红牛群体中,通过PCR-RFLP的方法对4个多态性座位进行基因分型。统计分析了各个多态性座位在群体中的基因频率、基因型频率、多态信息含量、有效等位基因数和期望杂合度等群体遗传学参数。⑷采用一般线性模型进行了BBOX1基因多态性与草原红牛肉质和胴体性状的关联分析。结果显示:多态性座位BBOX1-BbvI(c.512_513insTGC)对肌纤维直径、剪切力、净肉重和胴体重有显著影响;多态性座位BBOX1-HincII(c.650T>C)也只对肌纤维直径、剪切力、净肉重和胴体重有显著影响。
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