流域水生态功能分区经过多年的研究已经日益成熟,松花江流域做为我国重要的流域之一,水生态功能区划也已基本划分完成。流域的水生态环境质量的保护也要结合水生态功能分区的特点开展评价。对流域水生态环境质量的评价的方法除了现行的水化学因子的评价方法以外,目前没有能够结合其他监测要素的适用于流域的水生态功能分区的而且考虑流域的社会、自然、地理等因素的方法。本文在松花江流域水生态功能三级分区中,选取分散在5个分区的26个重点断面,分别进行了水化学因子、水生生物和物理生境指标的监测。结合调研的研究成果,优化建立了基于松花江流域水生态功能三级分区的水环境质量综合评价体系,并进行了方法的科学性和优势性的检验。得到的水生态综合评价结果与常规理化指标评价结果相比较,反映的松花江流域整体变化趋势基本相符,呈现了一定的相关性和一致性,但有部分评价结果存在较大的差异。针对差异较大的功能分区,进行了限值因子的讨论,得出本研究建立的水生态综合评价体系能够更加科学准确的反映水生态环境质量状况。应用建立的综合评价体系,对松花江流域水生功能三级分区的2013-2017年水生态环境质量状况进行综合评价。研究结果表明:从时间和空间两个维度对近5年松花江流域水生态功能三级分区的综合评价结果进行分析,近5年松花江流域的水生态综合评价指数呈上升趋势,且具有显著性意义。各功能分区的水生态环境质量呈现不同的变化趋势,但大部分为良好。研究结果说明了松花江流域的水生态环境质量状况逐渐改善,水生态环境质量级别由轻度污染变为良好,但局部地区存在水生态环境质量较差的情况。本文根据对各功能分区计算与评价的结果,结合松花江流域水生态三级功能分区的特点,总结存在的问题。并根据松花江流域的水生态环境质量管理的需求,提出了改善水生态环境状况的对策和建议。