“十二五”时期,科技界积极贯彻国家的重大决策部署,我国的科技创新能力明显增强,国际地位不断提高,进入建设科技创新型国家的新阶段。高校是科研创新的主力军,如何在保证基础办学力量的同时,提升高校的科研水平和科研力量,成为国家和高校科研人员重点关注的问题。开展科研项目绩效评价能够为制定科研管理制度提供借鉴,有利于提升高校科研水平、优化资源配置、激发科研人员的积极性。本研究绩效评价的对象是国家自然科学基金项目。国家自然科学基金是我国支持基础研究的主要渠道,肩负着推动我国基础科学健康发展的重要职责,开展科学合理的绩效评价将对全国科学界产生积极的引导与示范作用。首先,采用平衡计分卡原理,建立起科研项目绩效评价的指标体系,围绕科研成果、人才培养、基础设施建设、经济社会效益、科研效率等方面进行评价。其次,采用层次分析法,对各领域专家发放调查问卷,确定各层次、各指标的权重值,并对权重值进行一致性检查,确定其合理性和有效性。最后,利用建立的科研项目绩效评价体系对N高校国家自然科学基金项目进行绩效评价,经费使用数据、科研成果等作为评价指标数值,分析存在的问题并提出相应的解决对策:一是保证评价机制公开透明,二是重视科研成果转化率,三是重视人才的培养和基础设施建设,四是建立监督反馈机制,规范科研项目管理,五是扩大对外交流,拓展国际发展空间。本研究的创新之处在于,在深入分析高校科研项目绩效管理理论的基础上,结合高校科研项目绩效评价的现状,提出了基于平衡记分卡理论的高校科研项目绩效评价指标体系。通过专家访谈、问卷调查的方式,采用层次分析法确定各指标的权重。同时将该绩效评价体系应用到实际单位,通过对N高校部分国家自然科学基金项目使用该绩效评价体系,发现目前N高校科研项目绩效评价存在的问题,并提出对策和建议。