为便于菠萝蜜(Artocarpus heterophyllus Lam.)资源的挖掘，优良单株的筛选和评价，本研究利用ISSR(简单重复序列区间扩增多态DNA，inter-simple sequence repeatDNA)标记和26个果实性状对主要来自雷州半岛的114份菠萝蜜种质，进行了遗传多样性分析；在ISSR分析的基础上，采用逐步聚类的方法对76份菠萝蜜种质进行了核心种质库的尝试性构建。主要研究结果如下： 1.试验得出菠萝蜜ISSR最佳反应体系为：在20μL反应体系中DNA模板量为1.6ng/μL，Taq DNA聚合酶为1.25U，引物的浓度为0.241μmol/L，dNTPs的浓度为0.2 mmol/L，Mg2+浓度为2 mmol/L，10×PCR缓冲液2.0μL。PCR扩增反应程序是：94℃预变性4min；94℃变性1min，退火50s(退火温度因引物而定)，72℃延伸1min，35个循环；72℃延伸10min。 2.从60条ISSR引物中筛选出了效果较好的24条引物用于菠萝蜜ISSR分析。 3.在用于ISSR分析的76份种质中，24条ISSR引物共扩增出477条带，其中多态性条带数427条，多态性位点百分率89.52％；扩增条带最多的引物为U857，共扩增出35条；最少的为U856，仅为7条；多态性百分率最高的为U810、U825、U851和U857，均达100％，最低的为U848，为66.67％。 4.477个扩增位点的平均PIC(多态信息含量，polyrnorphism information content)为0.23，其中PIC值为0.45～0.50的位点最多，为84个，占了17.61％；而PIC为0.40～0.45的位点最少，为18个，占3.77％；引物U851的平均PIC值最高，为0.3412；引物U856的平均PIC值最低，为0.0938。 5.各种质之间的遗传相似系数在0.5023～0.9447之间，平均相似性系数为0.7666，雷州半岛菠萝蜜种质与其它各地区菠萝蜜种质的亲缘关系较近。 6.根据ISSR扩增结果进行UPGMA聚类显示，在遗传距离系数为0.752处，76份种质可以分为4组，但不能区分干、湿包种质。外地种质与雷州半岛种质分开聚类，说明它们之间在DNA水平上存在一定的差异。 7.对76份菠萝蜜种质果实的26个性状进行了测定和统计分析，各性状均存在不同程度的差异，变异系数最大的为果包总数，达67.73％，最少的是种子形状指数，为11.13％。 8.根据果实性状进行UPGMA聚类显示，在欧氏距离系数为7.88处，76份种质可以分为3组。干、湿包不能单独聚类。各种质聚类模式与地区分布无关，说明地区间的差异对菠萝蜜果实性状没有明显的影响。 9.分别利用ISSR数据和果实形态数据对38份菠萝蜜种质进行UPGMA聚类分析，结果表明，两种数据获得的聚类图存在明显不同，这可能与分子标记和形态标记属于不同性质的标记有关。 10.通过因子分析，筛选出了17个影响较大的果实性状，分别为果实纵径、单果重、果轴重、果肉总重、果包总重、种子总重、果皮重、单果包重、单籽重，果形指数、包刺长、可食率、果皮厚，果皮颜色、果包颜色、果包厚、包刺密度。 11.利用ISSR分析获得的数据，采用逐步聚类的方法从76份菠萝蜜种质中筛选出了19份核心种质，其保留了初始种质25.00％的样品，基因位点数、多态性位点数、多态性位点百分率、观测位点数、有效等位基因数、Neis遗传多样性指数和Shannons信息指数的保留率分别为94.76％、90.40％、95.40％、97.83％、105.46％、118.07％、114.84％，可见核心种质能很好的代表初始种质。