系统论思想是对近代科学以静态分析为主的还原主义方法论和形而上学思维方式的一次颠覆。自20世纪30年代创立以来，系统论就着眼于客观世界的复杂性、探求各类不同系统的共有特征，尝试以数学方法来定量地描述系统功能、寻求并找到适用于所有系统的原理、定理或模型。作为系统论的基本思想，整体与要素、动态性和稳定性、目的性和自主性的辩证统一，极大的丰富和深化了传统唯物辩证法。系统论作为一种成熟的理论方法，尤其适合对复杂对象的研究。　　科学研究是一项公认的极为复杂的活动，作为其最终产物的科学研究成果是科学研究活动的终极导向，更是作为评价科学研究水平的重要参考。在系统论思想的指导下，将科学研究这一活动视为一个完整系统，全面的分析促成其成果诞生的各种要素，了解这些要素各自在系统中的功能以及要素之间内在的相互作用、分析元素与系统外部环境之间相互作用的机制、总结出这些要素在运动和相对稳定中相互作用并达到平衡，并最终产生协同效应的规律，从而得出科学研究活动的理想模型，对正确指导科学研究活动具有重大理论和实践意义。　　本文首先分析了科学研究的基本性质，并参照系统论的基本理论，论证用系统论思想对之进行分析的可行性及优越性。　　其次，在系统论思想的指导下，对促成科学研究的各项要素:科学研究的主体和客体、科学研究的内在动力和外在动力、科学研究的机制和过程、科学研究的手段和方法进行逐个分析，揭示出各要素影响科学研究活动的内在依据及作用方式。　　再次，根据系统论原理及基本性质，以各要素标准模型为参照，分析了这些要素之间的内在相互作用，并与内外环境相互作用的方式，展现科学研究系统中各要素之间的层次性、动态平衡性以及协同效应的发挥机制。　　最后，作为比照，对我国的科学研究现状进行对应分析，以找出我国重大科学研究成果匮乏、科学创新能力差的深层原因，并提出为提升我国科学研究能力所应采取的措施。