在开展渤海、黄海、东海、南海海域33个主要海湾或养殖区表层沉积物采样调查的基础上,结合以往调查资料,系统地阐述了我国海域主要甲藻孢囊种类和数量的空间分布；对9个代表性海域的甲藻孢囊开展了群落相似性分析；同时,通过对大连长山群岛海域甲藻孢囊的时空分布研究,详细阐述了甲藻孢囊的种类组成、时空分布规律及其与海流、沉积物等环境因子的相互关系。结果显示：本研究发现我国近海常见产孢囊的赤潮甲藻40种,包括膝沟藻目4科5属12种、裸甲藻目3科5属7种、多甲藻目3科6属21种。甲藻孢囊包括膝沟藻类孢囊11种、Tuberculodinioid类孢囊1种、裸甲藻类孢囊6种、钙质孢囊3种、翼藻类孢囊3种和原多甲藻类孢囊16种。其中,渤海海域甲藻孢囊种类和丰度均较低；东海海域孢囊种类丰富,但丰度较低；黄海烟台、长山群岛海域孢囊种类和丰度均较高；南海大亚湾、大鹏湾海域孢囊种类和丰度均较高。9个代表性海域甲藻孢囊群落相似性分析结果处于中等不相似水平或以下,群落组成差异明显,表明各海区甲藻孢囊群落亲缘关系较远。长山群岛海域甲藻孢囊种类丰富,丰度较高,是我国甲藻孢囊分布的一个集中区；因岛屿效应形成的特定沉积环境促使大量孢囊沉积在位于岛影区域的浮筏养殖区和底播养殖区；有毒有害甲藻营养细胞及其孢囊种类和数量可能与当地贝类体内赤潮毒素含量有相关关系。