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连锁不平衡(Linkage disequilibrium,LD)和有效群体大小是数量遗传学、进化研究等领域的重要参数,对动物育种与保种工作具有重要的指导意义。随着分子生物学的发展,高密度SNP(Single Nucleotide Polymorphism)芯片逐渐广泛应用于各种动植物遗传研究中,其中包括LD图谱构建、基因组选择、全基因组关联分析等。本研究首次以10个华南地方猪种和1个引入猪种作为研究对象,利用Illumina Porcine SNP60K Bead Chip(包含65165 SNPs)数据,对11个猪种进行LD分析和有效群体大小估计。本研究的11个猪种分别为:高黎贡山猪(GLGS)、巴马香猪(BMX)、大花白猪(DHB)、蓝塘猪(LT)、桂中花猪(GZH)、保山猪(BS)、撒坝猪(SB)、滇南小耳猪(DNXE)、粤东黑猪(YDH)、梅花猪(MH)和杜洛克(DR)。根据Sscrofa10.2猪基因组参考序列版本,利用Illumina Porcine SNP60K Bead Chip进行基因型测定。分别对每个猪种的SNP数据进行质量控制后,每个猪种的SNP数分别剩余:GLGS:33606;BMX:26877;DHB:25094;LT:25299;GZH:25839;BS:36803;SB:35579;DNXE:29632;YDH:38736,MH:32495,DR:33032。利用r2计算各品种的LD程度,结果表明,随着标记间距的增加,LD呈递减趋势,但是某些距离较远的位点间也存在较强的LD。各猪种相邻标记之间的r2分别为:GLGS:0.153,BMX:0.223,DHB:0.319,LT:0.285,GZH:0.218,BS:0.206,SB:0.261,DNXE:0.193,YDH:0.280,MH:0.449,DR:0.516。在标记间距较小时,西方猪的LD程度要高于华南地方猪,但随着标记间距的增加,西方猪的LD则逐渐低于华南地方猪。在华南地方猪中,MH的LD程度最高,GLGS的最低。由于受诸多因素影响,不同猪种的不同染色体之间的r2具有显著性差异。在进化过程中,SSC10,SSC11,SSC12受选择强度较小,SSC14和SSC15较大。本研究分别选取SNP间距50、100、200、500、1000、2000、5000、10000、25000(kb)片段大小,根据连锁不平衡信息,分别估计了11个猪种在2世代前的有效群体大小。结果表明,各猪种的有效群体大小随着世代数的减少逐渐呈下降趋势,而随着世代数的减小,DR的有效群体逐渐高于华南地方猪。到2世代前,各猪种的有效群体大小分别约为:GLGS:24头,BMX:15头,DHB:12头,LT:14头,GZH:22头,BS:17头,SB:6头,DNXE:19头,YDH:10头,MH:8头,DR:46头。结合LD和有效群体大小结果表明,在华南地方猪中,受选择强度大小分别为:MH>DHB、LT、YDH>SB、BS、BMX、GZH>DNXE、GLGS,各猪种受选择强度与地域相关。DNXE和GLGS的遗传多样性比其他猪种丰富。