我国刑事司法现状表明,污染环境罪中的因果关系认定是影响该罪定罪处罚的主要因素之一。污染环境犯罪的事实原因复杂且后果具有潜伏性,其行为与结果之间的因果关联复杂,这令采用传统理论来解决所有污染犯罪的做法在现今并不可行。在污染型犯罪中,水污染犯罪的因果关系认定往往面临着对污染物质的排放及其危害程度的确立、以及对事实进行检验涉及高深的专业技术问题的困境,从而导致水污染犯罪的因果关系认定更加困难,这在一定程度上也影响着实务部门对水污染案件的妥当处理。鉴于此,本文以水污染环境犯罪的因果关系认定为题,着力于解决传统理论在此问题上的应对困境。文章主要分为五部分递进展开。第一部分:具体的司法案例及解释表明,因果关系的认定是水污染环境犯罪刑法规制的必经之径。同时,因环境犯罪的特殊性及环境本身的多变性等特性,在环境犯罪因果关系认定的实践中,司法机关可能面临因果链条隐蔽且不紧密、因果间的必然联系无法达到普通刑事证明标准、传统理论下的因果关系界定难等困境。第二部分:主要对水污染环境犯罪司法实践中运用的主要因果关系理论进行梳理,包括条件说与相当因果关系说、疫学因果关系理论与间接反证规则。同时对刑法理论中主流的因果关系理论,例如条件说、相当因果关系说、客观归责理论以及因果关系推定规则进行梳理,了解其内涵与规则。第三部分:条件说、相当因果关系说、客观归责理论在因果关系的认定中地位毋庸置疑,但水污染区别于一般刑事案件的特性,这使传统的因果理论无法完全应对实践中的水污染环境犯罪案件。而水污染环境犯罪因果关系推定规则具有刑事理论基础,并具有科学性,其不仅是出于刑事政策的需要,而且能弥补传统因果理论的困境。第四部分:水污染环境犯罪因果关系推定规则的具体适用应从推定的基础、推定的事实、以及推定的结论三个方面来具体适用。同时需要正视推定规则的局限性,推定规则的适用可能会与疑罪从无原则相矛盾,同时可能加重被告责任,因此需要对因果关系推定规则从补充适用地位、事实基础真实可靠以及允许被告人反证等方面进行限制。