小麦(Triticum aestivum L.),是世界上播种面积最大、产量仅次于玉米的第二大粮食作物。小麦是中国第三大粮食作物,由于中国人多地少矛盾突出,进一步提高产量潜力是我国小麦育种的永恒主题。如今随着人们生活水平和小麦加工技术水平的提高,还要求育种家更加注重小麦品质的改良。而小麦产量和品质的相关性状多数为数量性状,对这些数量性状位点(QTL)主要采用家系连锁分析和自然群体关联分析的方法进行研究。目前,关联分析具有周期短、精确度高、检测位点多等优点,普遍运用于数量性状的研究中。本研究以64份四川小麦地方种质资源组成的自然群体为材料,基于产量和品质相关性状表型分析,以分布于21条染色体的134个SSR标记与17个性状进行关联分析,以期揭示四川小麦地方品种产量和品质相关性状的重要基因组区段及关键位点,并对重要的关联位点进行优异等位变异的分析,为四川小麦地方品种利用和产量与品质相关性状分子育种提供参考依据。获得的主要结果如下：1、利用均匀分布于21条染色体的108个SSR标记进行遗传多样性分析，共检测到539个等位变异,等位变异范围为2-10个,平均每个SSR标记检测到4.99个等位变异,每个SSR位点的多态性信息含量指数(Polymorphism information content,PIC)变化范围为0.18-0.83,平均多态性信息含量指数为0.51。证实四川地方小麦具有丰富的遗传多样性。进一步分析发现,在A、B、D三个基因组中,四川地方小麦种质的D基因组拥有较高的遗传多样性,而A基因组最低,其分子标记的等位变异和多样性信息含量均表现为D基因组>B基因组>A基因组。结合UPGMA聚类模型和群体结构分析将四川地方小麦种质划分为二个类群。2、通过四川小麦地方种质群体结构和性状-标记关联分析,结合3个环境表型鉴定发现,共检测到14个产量、品质相关性状与28个SSR标记达到稳定的极显著关联。其中,有19个SSR分子标记与产量相关性状关联,9个SSR分子标记与品质相关性状关联。在获得的关联标记中,共有8个SSR标记与穗长关联,Xgwm372与多个性状均达到极显著关联,包括穗长、公差指数、形成时间、沉淀值和评价值。同时,在2A染色体上发现了两个染色体区段为Xgwm448-Xgwm328和Xgwm328-Xgwm372,均与穗长极显著关联,区段大小分别为6.0cM和2.OcM。3、通过携带“无效等位基因(null allele)’’表型均值为参照,评估等位变异的潜在表型效应增量(减量),对关联位点的等位变异进行进一步的遗传解析。对8个产量相关性状的关联标记进行优异位点分析,共发现12个与产量相关性状显著关联的优异等位变异；对6个品质相关性状的关联标记进行优异位点分析,共发现了9个与品质性状显著关联的优异等位变异。基于上述结果,本研究发现了一批产量和品质相关性状的关联优异位点、等位变异及携带优异等位变异的基因资源,可以弥补家系连锁法QTL定位信息的不足,并直接利用等位变异信息进行亲本选拔、组合选配及后代等位变异辅助选择,为有效利用四川小麦地方品种与发掘优异基因资源奠定基础。