蔷薇属（Rosa L.)隶属是蔷薇科（Rosaceae），全世界约有200个种和变种，属内的玫瑰、月季是世界上著名的观赏植物，也是重要的传统药用植物，但是由于近年来市场上对观赏的玫瑰、月季的大量需求，玫瑰、月季与蔷薇属内的不同物种的大量杂交使其新品种层出不穷，导致药用玫瑰、月季等在中药材市场上的混乱。　　本实验利用ISSR分子标记技术对药用植物月季、玫瑰及其同属近缘种的15个种33个样品进行分析；利用DNA条形码技术，通过实验并结合GenBank数据库序列，分析ITS、trnH-psbA、matK、rbcL、rpoC15条常用条形码在种内与种间变异、barcoding gap、系统发育树等方面对蔷薇属植物的鉴别能力，旨在评价ISSR分子标记技术和DNA条形码候选序列对蔷薇属药用植物的鉴定能力，探讨蔷薇属药用植物的鉴定新方法，研究结果如下：　　1)6条引物共检测到110个位点，其中多态性位点109个，多态位点百分率（PPB）为99.09％。药用植物月季、玫瑰及其同属近缘种的种群间Nei’s基因遗传多样性指数（H）平均值为0.3705，Shannon’s多样性信息指数（I）的平均值为0.5464，种群间基因分化系数（Gst）的平均值为0.8868，基因流（Nm）的平均值为0.0638，遗传距离（D）的变化范围为0.1691～0.7302，表明药用植物月季、玫瑰及其同属近缘种具有丰富的遗传多样性。　　2)聚类分析结果显示蔷薇属15个种，在遗传相似系数(GS)0.60处分成6个组，蔷薇属的15个物种聚为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ和Ⅵ6组。Ⅰ组包括蔷薇属蔷薇亚属合柱组的3个种，野蔷薇、伞花蔷薇（J）和光叶蔷薇（I），其中野蔷薇的7个不同居群A1、A2、A3、A4、A5、A6和A7聚在一支。Ⅱ组中仅包括一个种月季，其中月季的8个不同栽培品种C1、C2、C3、C4、C5、C6、C7和C8聚在一支，隶属于蔷薇属蔷薇亚属的月季组。Ⅲ组为金樱子组的金樱子（O）。Ⅳ组包括蔷薇属蔷薇亚属桂味组的6个种，玫瑰、钝叶蔷薇（D）、刺梗蔷薇（E）、全针蔷薇（F）、城口蔷薇（L）和山刺玫（G），其中玫瑰的6个栽培类型B1、B2、B3、B4、B5和B6聚在一支。Ⅴ组包括蔷薇属蔷薇亚属蔷薇组的3个种，法国蔷薇（H）、突厥蔷薇（N）和白蔷薇（M）。Ⅵ组为蔷薇属蔷薇亚属木香组的木香花（K)。聚类分析与基于形态特征对蔷薇属属下的分类学研究结果相吻合，ISSR分子标记技术可以有效鉴别药用植物月季、玫瑰及其同属近缘。　　3)rbcL和rpoC1基因作为叶绿体基因组进化速率较慢的两个片段，在蔷薇属种间中的变异位点和信息位点均较少（分别为22个和5个；11个和1个），且种间和种内遗传距离存在重叠，barcoding gap检验结果表明，rbcL和rpoC1种内和种间变异交叉虽然相对较少，但是区分并不明显。此外，在rbcL和rpoC1的NJ系统发育树上，蔷薇属药用植物玫瑰、月季及金樱子三个物种的不同居群均没有各自形成单系群，物种的分辨率极低。因此，本研究认为rbcL和rpoC1基因不适合作为DNA条形码序列来鉴别蔷薇属药用植物。　　4)核基因ITS序列，叶绿体基因trnH-psbA和matK片段序列信息和种内/种间的变异分析表明，叶绿体基因trnH-psbA片段序列变异位点和信息位点最多（为80个和62个），其次为ITS片段（59个和39个）、matK片段（45个和17个），说明ITS、trnH-psbA和matK序列能够提供足够的变异位点。从种内和种间遗传变异的分析中得出：5条序列种内最大变异、种间最小变异均比较小，种间最小变异trnH-psbA序列最大（0.00640），其次为ITS序列（0.0026）、matK序列（0.00095）；种内最大变异trnH-psbA序列最大（0.00060），其次为ITS序列（0.00046）、matK序列（0.00024），ITS、trnH-psbA和matK3条序列的平均种间变异均大于平均种内变异。不同序列barcoding gap检验分析结果表明：5条序列均无明显的间隔区，相对其他序列，trnH-psbA序列虽无明显间隔区，但是种内与种间变异明显分为两大部分，分布较高的遗传变异可以明显区分。在NJ系统树上，ITS序列可以将药用植物玫瑰、金樱子与其蔷薇属近缘种类区分开；trnH-psbA序列可以将金樱子与其蔷薇属近缘种类区分开区分开；ITS+trnH-psbA+matK联合序列，可以很好的将蔷薇属药用植物玫瑰、月季和金樱子与蔷薇属其他近缘种类区分开。　　5)属内系统发育关系分析表明：药用植物玫瑰与全针蔷薇、钝叶蔷薇、山刺玫、大叶蔷薇和小叶蔷薇聚为一单系分支，都属于桂味组，其中全针蔷薇、钝叶蔷薇和玫瑰亲缘关系最近，得到100%的支持。金樱子组中金樱子居群聚为一个单系，也达到100%的最高支持。取样的几个栽培月季品种构成单系分支，与野蔷薇和光叶蔷薇聚为一支，具有75%支持率。基于DNA条形码序列构建NJ系统发育树与传统形态学研究分类系统基本相吻合。