股权结构是公司治理结构的产权基础，股权结构的科学性直接决定着公司治理效率的高低，进而影响着公司的经营过程中的绩效水平。因此提高公司经营绩效，就必须优化股权结构，完善公司治理机制。银行在一国经济中占据着基础性和特殊性地位，农村商业银行更是我国农村金融的主力军，在农村金融发展中有着重要地位，农村商业银行的经营绩效水平关系到农村经济的健康发展。在三次金融改革实践中，农村信用社取得了一定发展成绩，农村商业银行由其改制产生并发展迅猛，同时也存在许多问题。股权结构普遍存在的问题是国有股和法人股占比偏高，股权相对集中，而社会公众股东的股权相对分散，大股东身份不明确，导致“所有者缺位”，股权结构很不合理，。股权结构的不合理，影响农村商业银行的经营绩效的提高，阻碍了农村商业银行自身发展，同时不利于推进我国农村金融体制改革与创新。从商业银行股权结构与经营绩效的理论研究入手，结合农村商业银行特殊性，立足于我国农村商业银行改革发展实践，构建了股权结构与综合绩效关系的模型，利用因子分析法对农村商业银行综合绩效进行测算，从股权集中度、股权制衡度与股权属性三个方面对股权结构进行分析。实证表明第一大股东持股比例与农村商业银行经营绩效呈正相关关系，前十大股东持股比例与农村商业银行绩效关系不显著，非控股股东的制衡能力与绩效正相关。同时，农村商业银行法人股比例与其绩效之间为复杂的倒U型关系，一大股国有性质与农村商业银行绩效负相关，自然人股与农村商业银行绩效负相关。基于此，文章提出适度集中农村商业银行股权结构、引进战略投资者多元化股权构成、完善激励约束机制等政策建议，力图从建立科学合理的股权结构角度来促进农村商业银行绩效水平的提高。