羚牛(Budorcas taxicolor)隶属于牛科,是一种大型的草食性动物。由于其形体特及地理位置分布的差异,羚牛被分为四个亚种,分别为:高黎贡羚牛(Budorcas taxicolortaxicolor)、不丹羚牛(Budorcas taxicolorwhitei)、四川羚牛(Budorcas taxicolortibetana)以及秦岭羚牛(Budorcas taxicolorbedfordi)。其中四川羚牛与秦岭羚牛是中国特有。秦岭羚牛也称金毛扭角羚,与其它三个亚种相比,它体型最大,长相最美丽,威武,而且数量也最为稀少,全世界不足5000头。近年来,由于自然环境的恶化以及人类活动的影响,羚牛的栖息地受到了严重的破坏,此外还有捕猎等原因,致使了羚牛种群数量的急剧下降。因此这一珍稀物种的栖息地保护与种群恢复的问题亟待解决。哺乳动物的肠道菌群是一个复杂的系统并在宿主健康和肠道内环境稳定上扮演了重要的作用。随着测序技术的不断进步,高通量测序技术让我们能够深层次的了解肠道菌群的结构与多样性。本研究选取羚牛中最为珍贵的秦岭羚牛为研究对象,通过高通量测序的方法对其肠道多样性进行研究,试图揭示秦岭羚牛的肠道微生态。本研究通过高通量测序技术对9只来自济南的健康金毛扭角羚进行肠道菌群16S rRNA基因片段V3-V4区进行深入研究,共得到有效序列670356条,以97%的一致性(Identity)进行聚类,获得12992个OTUs。结果显示,金毛扭角羚的肠道菌群包含20个门,40个纲,62个目,96个科和216个属。其中,Firmicutes(67.59%)是丰度最高的菌门,其次为Bacteroidetes(23.57%)与Proteobacteria(2.37%)。其中肠道中前三的优势菌科分别为:Ruminococcaceae(49.61%),Rikenellaceae(10.93%)和Lachnospiraceae(6.41%)。除此之外,与冬季相比,春季金毛扭角羚肠道菌群具有更高的菌群丰富度(P<0.05),其菌群多样性与均匀程度不存在显著的差异。我们猜测冬春两季肠道菌群组成和结构的差异可能是由于食物质量的变化造成的。本研究提供了秦岭羚牛肠道微生物的基础理论数据,同时能够为我们对这一濒危物种的保护和利用提供新的见解。