由于我国法律没有直接对商业秘密侵权诉讼的证明责任作出规定,本文就从民事诉讼证明责任的一般原理和规则出发,借鉴国外成熟的理论和判例,分析论证了我国商业秘密侵权诉讼的证明责任问题。商业秘密侵权诉讼的证明责任分配应采用大陆法系主流的学说即法律要件分类说为主导,并结合英美法系的利益衡量说,对特殊情况下证明责任分配不公时予以修正。在判断当事人是否已完成证明责任时,应采取高度盖然性的证明标准。商业秘密侵权诉讼的证明责任由原告负担。在诉讼中,原告首先应明确其商业秘密的内容和范围,然后要证明其商业秘密符合法定构成要件。商业秘密的构成要件应与TRIPs协议一致,采取秘密性、价值性和管理性三要件说,摒弃实用性,排除新颖性。对侵权行为的证明,可采取公证方式“陷阱取证”。对侵权行为的认定,法院可采取“接触加相似”的规则进行事实推定,而对于损害事实和因果关系也可采取推定的方式。商业秘密侵权损害赔偿责任的归责原则为过错责任原则,值得注意的是,TRIPs协议同时增加了无过错责任原则作为补充,但该项原则并非强制性义务,并须由立法规定。商业秘密侵权中的善意第三人之“善意”应通过使用的准据时点来确认,但权利人的通知可化解其“善意”身份,善意第三人可申请法官来裁量其应承担的责任。此外,是否为公众所知悉应属法律性问题,不应进行司法鉴定,相反,通过审计确定损害赔偿额却具有可行性和可靠性。