近年来的生态考察结果表明长江江豚的种群数量正在迅速下降,目前已被IUCN红皮书列入"濒危级"的鲸类地理种群名录.自1990年起,在长江天鹅洲白鱀豚国家级自然保护区试养江豚以来,每年有1到3头江豚在保护区出生并健康成长,目前已形成一个20多头的群体.长江江豚迁地保护措施已取得较大的成绩,对该种群的保护具有重要意义.然而,由于与长江中的自然种群长期生殖隔离,保护区种群的长期生存和发展面临挑战.因此,采用分子生物学技术结合生态学知识全面研究和了解保护区江豚的遗传多样性水平、有效群体大小、个体之间亲缘关系、群内个体组成变化等,对于分析判断该群体自身维持发展的能力及进一步认识小种群濒危的机制,提出合理、科学的保护及管理措施具有重要的理论和实践意义.本研究主要结论如下:1)调查和评价了保护区江豚种群现状.初步建立了包括年龄、性别、体长以及体重等重要数据的保护区江豚群体的个体档案.2)利用微卫星标记建立了保护区江豚的微卫星指纹图谱,并利用此图谱成功地对四次所捕所有江豚个体完成了指纹鉴定.3)利用所得到的分子数据以及相关测量数据对保护区群体进行了亲子分析,推导了江豚的繁殖行为.研究发现雌豚妊娠期与哺乳期存在部分的重叠;其生殖循环要小于一年半;性成熟江豚没有固定的配偶.此外,探讨了江豚的交配模式、社群等级和繁殖成功度.4)探讨了群体组成结构、血缘关系及其稳定性.与其它群体类型相比,处于哺乳期的江豚母子关系是最为稳定的.5)通过扩增片段长度多态性技术(AFLP)集团分离分析获得一个分子定性标记.6)利用微卫星、AFLP以及线粒体DNA控制区测序技术完成了保护区群体的遗传多样性分析.研究显示保护区长江江豚群体的线粒体DNA遗传多样性水平非常低,而其核DNA遗传杂合度相对适度.进一步的分析显示目前情况下该群体遗传多样性水平的下降是不可避免的.为了该群体的长期生存与发展,更多的具有不同遗传变异的个体应该被补充到保护区,形成更大的群体以获得更好的性比和群体遗传结构.7)为了探讨长江江豚线粒体DNA遗传多样性水平低的原因,以及长江种群数量变动与其遗传多样性变化的关系,初步完成了21个历史标本的线粒体DNA控制区序列测序工作.