2012年中国大陆有37个城市拥有或在建城市轨道交通线路,其中北京、上海、广州等地已经逐步实现了地铁的网络运营。地铁进入网络时代,网络规模效应使其对客流的吸引能力急剧增加,客流规模性的增长对原有线路造成了巨大压力,形成了常发性的大客流。除此之外由于列车承载能力的限制,单个或几个车站的大客流也可能通过换乘站扩散到各个站点,站点的拥挤状态在网络中“相互传染”。大客流运输组织与网络化运输组织协调,是我国城市轨道交通发展过程中的两个难题。本文立足二者的交叉点,结合国内外地铁网络运营经验以及相关先进理论,从路网统计特征及结构特征入手,解释大客流在网络中的扩散过程,以网络运输组织协调优化为方法,以应对大客流的挑战为根本目标展开研究,对提高路网资源配置的合理性,发挥网络系统整体能力与综合效益有一定借鉴意义。本文首先以城市轨道交通网络本身的特性为切入点,利用复杂网络理论分析网络本身的基本统计及结构特征,解释大客流的网络特性；阐述了网络运营过程中制约网络运输能力的各个因素,明确了大客流的一般定义；论文通过改进传染病的经典传播模型,描述了大客流拥挤状态在网络各个站点间的传播过程及影响范围；在系统梳理城市轨道交通运输组织基本内容、单线应对大客流常规方法的基础上找出网络运营的新要求、新特点；以换乘站为关键点建立大客流偏好的网络递阶优化模型,通过调整各换乘站列车到发时刻表实现网络运输组织的协调优化,更好的应对大客流挑战。上述理论和算法研究都以北京城市轨道交通局部网络为例,进行实例分析。